当法人股东注销后，其持有的股份处理是一个涉及多方面因素且需严格遵循法律法规的复杂过程。以下是对此问题的详细解答：

一、首要步骤：确认注销信息与更新登记

1. 核实注销信息：

   • 您需要首先核实法人股东的注销信息，包括注销的具体时间、原因以及相关的法律文件，如注销证明等。这是确保后续处理合法性和有效性的基础。

2. 更新公司登记：

   • 根据《公司法》和相关规定，公司应及时向工商登记机关提交变更登记申请，报告股东变更情况，并提交新股东名单、出资证明等必要文件，以完成股权变更登记。这一步骤对于维护公司股东结构的准确性和合法性至关重要。

3. 修改公司章程：

   • 由于股东结构发生了变化，您还需要相应修改公司章程中关于股东的部分内容，如股东名称、出资额、持股比例等，并确保新章程符合法律法规的要求。

二、股权处理的核心方式

1. 依据公司章程处理：

   • 如果公司章程对法人股东注销后股权的归属和处置方式有明确约定，那么应严格按照章程规定执行。这是处理股权问题的首要原则。

2. 清算分配：

   • 如果法人股东是经过合法清算程序注销的，其持有的股权将作为资产纳入清算范围。首先用于清偿债务，剩余财产则按法定顺序分配给法人股东的出资人或股东。如果清算过程中存在瑕疵，相关利害关系人可依法要求对已注销法人股东的资产（包括股权）进行重新清理和分配。

3. 股权转让：

   • 内部转让：如果其他股东愿意受让注销股东的股权，可以按公司章程规定的程序进行内部转让，并办理股权变更登记手续。
   • 外部转让：如果没有股东愿意受让，可以考虑对外转让。对外转让需遵守公司法规定，通知其他股东并保障其优先购买权。
   • 注销后转让追认：如果注销前未明确处置股权，但注销后相关主体认为股权有价值，可以与公司及股东协商合理转让，但需提供充分证据证明处分权，并按规范流程办理手续。

4. 继承：

   • 如果法人股东因合并、分立等原因注销，其权利和义务由合并、分立后的法人继承，股权也相应由新法人承继。

三、特殊情况与后续手续

1. 股东人数低于法定最低数：

   • 如果因法人股东注销导致公司股东人数低于法定要求，公司应进行变更登记或启动清算程序，以确保公司的合法运营。

2. 违法违规行为处理：

   • 如果注销过程中存在违法或违规行为，股权处理可能引发争议。此时，需要通过法律途径解决争议，确保股权处理的合法性和公正性。

3. 及时办理手续与文件保留：

   • 在整个处理过程中，应及时办理股权变更登记等相关手续，维护公司和其他股东的合法权益。同时，相关各方应妥善保留文件和资料，以备日后查询和证明之用。

四、财务与税务处理

1. 财务调整：

   • 公司应进行财务调整，确保账目清晰反映股东变更后的财务状况，包括但不限于资本公积、实收资本的变动等。

2. 税务处理：

   • 法人股东注销时，股权转让或清算分配可能涉及企业所得税、印花税等税务问题。公司和相关方需咨询专业税务机构，了解税务影响，依法申报并缴纳相应税款，并在办理股权变更登记时提供税务机关出具的完税证明或相关税务文件。

五、法律合规审查与建议

• 在整个处理过程中，公司应密切关注法律法规的变化和要求，确保所有操作均符合当前有效的法律规定。
• 鉴于股权处理的复杂性和法律风险，建议聘请专业律师进行全程指导和监督，以确保操作的合规性，避免潜在的法律风险。

综上所述，法人股东注销后股份的处理是一个涉及多方面因素且需严格遵循法律法规的复杂过程。为了确保处理的合法性和公正性，建议您在处理过程中咨询专业律师和税务机构的意见，并严格按照相关法律法规和公司章程的规定执行。