结论：每天上班12小时在一般情况下是不合法的，但在特定情况下，如经过劳动行政部门批准的特殊工时制度、紧急特殊情况或劳资双方协商并得到审批后，可能是合法的。
一、一般情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护其身体健康的基本法律原则。因此，在常规情况下，要求员工每天上班12小时显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。
二、特殊情况下的合法性分析
特殊工时制度：
- 不定时工作制：对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，如高级管理人员、外勤人员、推销人员等，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制。在此制度下，企业可不执行每日工作不超过8小时的规定。
- 综合计算工时工作制：同样，对于需要连续作业或受季节及自然条件限制的企业，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。在综合计算周期内，虽然某一具体日（或周）的实际工作时间可能超过8小时（或40小时），但整个周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
紧急特殊情况：
- 根据《劳动法》第四十二条，在发生自然灾害、事故或其他威胁劳动者生命健康和财产安全的情况下，或者生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障且必须及时抢修时，延长工作时间可以不受上述法定限制。这是为了应对突发状况、保护公共利益和劳动者安全而做出的特殊规定。
劳资双方协商与审批：
- 在某些情况下，如果劳资双方就工作时间进行了协商，并且得到了劳动行政部门的批准，那么即使工作时间超过了法定限制，这种安排也可能是合法的。但这需要严格的审批程序和双方的明确同意，且通常这种加班时间也受到严格限制，如每月不得超过三十六小时。
三、法律后果与劳动者权益保护
- 法律后果：如果用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬（平时加班）；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 劳动者权益保护：劳动者应了解自己的权益和法律规定，如果发现自己的工作时间超过了法定限制，且不符合上述任何特殊情况或特殊规定，那么他们有权与用人单位协商，要求其改正并支付相应的加班工资。如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、建议
- 对于劳动者：应充分了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果发现用人单位存在违法安排工作时间的情况，应及时与用人单位沟通或向相关部门投诉。
- 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间，保障劳动者的合法权益。在需要延长工作时间时，应确保符合法律规定并经过相应审批程序。
综上所述，每天上班12小时是否合法取决于具体情况。在正常情况下，这种安排是违法的；但在特殊情况下或经过特殊程序批准后，它可能是合法的。因此，劳动者和用人单位都应了解相关法律规定，并在必要时采取适当行动来保护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。