农业设施用地建厂房是否算违建，主要取决于建设行为是否符合相关法律法规和规划要求。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情形
符合设施农业用地规定：
- 根据《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，若建厂房作为农业生产必要的配套设施（如农产品加工、仓储保鲜等直接服务于农业产业链延伸的必要设施），并依法办理了设施农业用地备案等手续，且未改变土地性质和用途，则不属于违建。
- 此类建设需在规定的用地规模和建设标准内进行，且直接服务于农业生产。例如，进行工厂化作物栽培的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模的5%以内，最多不超过10亩；进行规模化种植的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模的3%以内，最多不超过20亩；进行规模化养殖的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模的7%以内，最多不超过15亩。
办理农用地转建设用地审批：
- 依据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条及相关实施条例，若设施农用地已依法转为建设用地，并完成了相关审批手续，则在该土地上建造的厂房合法，不构成违建。
- 这包括农业生产设施用房和农业附属设施用房，只要它们符合规定用途和标准，且经过了合法的审批程序。
符合乡村规划：
- 在某些情况下，即使是在农业设施用地上建厂房，如果建设行为符合当地乡村规划，并获得了相关部门的许可（如乡镇政府的审核批准），也不构成违建。
二、违法情形
擅自改变土地用途：
- 若在农业设施用地上建设的厂房并非用于农业生产配套设施，而是改为非农业用途（如工业生产、商业经营等），则属于擅自改变土地用途，构成违建。
未办理相关审批手续：
- 即使建厂房旨在服务农业生产，但若未按规定办理设施农业用地备案或其他必要审批手续，也可能被认定为违建。
超出规定面积和标准：
- 即使办理了相关手续，若建设的厂房超出了规定的用地规模和建设标准，超出部分仍可能被认定为违建。
违反土地使用规划：
- 将农业设施用地上的厂房用于与农业生产无关的目的，或建造非农业设施（如屠宰和肉类加工场所等非直接服务于农业生产的设施），均违反了土地使用规划，视为违建。
三、实际建议与风险提示
- 咨询与审批：在进行农业设施用地建设前，务必咨询当地自然资源和规划部门或农业农村部门，了解具体的政策和要求，确保建设行为合法合规。特别是涉及农用地转建设用地的情况，必须依法办理审批手续。
- 合规建设：确保建设项目符合当地土地利用总体规划和城乡规划要求，不超出规定的用地规模和建设标准。
- 风险提示：在实际案例中，有农民或企业在农业设施用地上擅自建设厂房或其他非农设施，因未办理相关审批手续而被认定为违建，并面临拆除和处罚的风险。因此，务必遵守相关法律法规和规章制度，确保农业设施用地的合理使用和开发。
总结来说，农业设施用地建厂房是否算违建，关键在于是否依法办理了相关审批手续，以及厂房的实际用途是否符合农业生产需要和土地使用规划。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。