当村集体土地被个人非法占用时，这是一个涉及集体权益的重要问题，需要采取一系列综合措施来有效解决。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：

一、明确占用行为的性质

首先，要确认占用行为是否经过合法审批，是否违反了土地管理法规。如果未经合法审批或违反了相关法规，那么该占用行为就是非法的，村集体有权采取措施维护自身权益。

二、尝试友好协商与基层调解

1. 友好协商：

   • 村集体应通过村委会等代表与占用者进行友好沟通，明确指出其非法占用的行为，并要求其停止占用、恢复土地原状。
   • 在协商过程中，可以探讨具体的解决方案，如占用者归还土地的时间、赔偿方式等，并尽量达成书面协议以确保履行。

2. 基层调解：

   • 如果协商无果，村集体可以请求乡镇政府、街道办事处或相关基层调解组织介入调解。
   • 调解组织会依据法律法规和政策进行调解，促使双方达成和解协议。

三、采取行政手段

1. 向相关部门反映：

   • 村集体可以向当地乡镇政府或县级以上自然资源主管部门报告情况，请求其依法查处非法占用行为。
   • 提交材料时，应详细说明占用情况，包括时间、地点、面积、方式及对集体的损害，并附上相关证据，如土地权属证明、现场照片等。

2. 责令退还与拆除：

   • 自然资源主管部门在调查核实后，有权责令占用者退还非法占用的土地，并对违法建设进行限期拆除或没收。

3. 罚款与行政处分：

   • 根据违法情节的严重程度，占用者可能面临罚款处罚。
   • 如果占用行为涉及国家机关工作人员，还可能受到行政处分。

四、采取司法手段

1. 民事诉讼：

   • 如果协商、调解和行政手段均无法解决问题，村集体可以向人民法院提起民事诉讼。
   • 在诉讼过程中，需要提交充分的证据来支持自己的主张，如土地权属证明、占用行为的证据等。
   • 法院将依法判决占用者停止侵权、返还土地并赔偿损失。

2. 追究刑事责任：

   • 如果占用行为情节严重，构成犯罪（如非法占用农用地罪），村集体应及时向公安机关报案。
   • 公安机关将进行侦查，并将案件移送检察机关审查起诉。
   • 最终，由法院依法审判并追究占用者的刑事责任。

五、考虑仲裁途径

如果当事人不愿协商、调解或协商、调解不成，村集体还可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁来解决土地纠纷。仲裁机构将依据相关法律法规和政策进行裁决。

六、加强日常监管与预防

1. 建立健全管理制度：

   • 村集体应加强对土地的日常监管，建立健全的土地管理制度。
   • 定期巡查土地，及时发现并制止私占土地行为。

2. 提高村民法律意识：

   • 通过宣传教育等方式提高村民的法律意识，让他们了解非法占用集体土地的严重性和法律后果。

3. 加强与政府部门的沟通：

   • 村集体应与当地政府部门保持密切联系，及时了解土地管理政策和法规的变化。
   • 在遇到问题时，及时寻求政府部门的支持和帮助。

综上所述，处理村集体土地被个人占用的问题需要综合运用多种手段，包括友好协商、基层调解、行政手段、司法手段以及仲裁途径等。同时，村集体也应加强日常监管和预防工作，确保集体土地的合法权益得到有效维护。