结论：工资通过微信发放，在符合一定条件下是合法的，但也存在一些潜在的法律风险和管理问题。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
双方协商一致：
- 如果用人单位与劳动者明确同意通过微信发放工资，并且能确保支付信息的清晰准确（如金额、时间、领取人等），则此方式在法律上通常被允许。这尤其适用于小型企业、创业公司或特定行业中的灵活支付需求。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。微信支付作为一种电子支付方式，技术上满足货币支付的要求。同时，《中华人民共和国劳动合同法》及国内各省市地区发布的工资条例规定，用人单位应按时足额给员工发放工资，但并未明确规定具体支付方式。因此，若双方达成协议，且支付过程安全可追溯，微信发工资可视为合法。
留存有效凭证：
- 使用微信发放工资时，用人单位必须保存微信支付记录、转账截图等作为支付凭证，以便在必要时证明工资支付的事实和金额。这些记录应能被劳动者方便查询，并能在劳动纠纷中作为证据使用。
潜在法律风险与管理问题
证据效力不足：
- 相较于传统的银行工资流水明细，微信支付记录在证据效力上可能较弱。在复杂的劳动争议中，法院可能要求更详细、准确的支付凭证，而微信记录可能无法满足这一标准。
- 建议：在微信转账留言或聊天记录中注明“工资”用途，以增强证据效力。
税务风险增加：
- 用人单位作为扣缴义务人，需按规定代扣代缴个人所得税。微信发放工资可能导致税收计算不准确或申报遗漏，从而引发税务违规风险，包括补缴税款、罚款等处罚。
- 建议：确保税务申报的合规性，避免逃税嫌疑。用人单位应依法履行代扣代缴个人所得税等义务，确保社保、个税缴纳基数准确。
金融监管违规：
- 频繁且大额的微信工资支付可能引起金融监管部门的关注，违反金融管理规定。企业应通过正规银行结算渠道进行资金往来，以确保资金安全和规范管理。
财务管理混乱：
- 微信转账的随意性和非正式性不利于企业的财务管理和税务申报。企业应建立完善的财务制度，对工资支付进行规范管理和记录。
法律建议与最佳实践
优先选择正式渠道：
- 为避免潜在法律风险和管理问题，企业应优先考虑通过银行转账等正式渠道发放工资，并确保相关记录的完整性和准确性。
完善财务管理制度：
- 企业应建立健全的财务制度，对工资支付进行规范化管理，包括明确的支付流程、记录保存和税务申报。
增强法律意识：
- 劳动者也应关注自己的工资支付方式，确保权益得到保障。在签订劳动合同时，应明确工资支付方式及相关条款。
法律合规审查：
- 在采用任何非传统工资支付方式前，建议企业进行合规性审查，以防范潜在的法律风险。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。
总结：虽然微信发工资在一定条件下合法且便捷，但为保障双方权益，减少潜在风险，建议用人单位优先考虑通过正规银行渠道发放工资。同时，应完善劳动合同中的工资支付条款，确保支付的合法性与安全性。在选择支付方式时，应充分考虑税务合规性、证据保留以及操作便利性等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。