关于您提出的“工伤认定书能否推翻”的问题，这通常涉及到对工伤认定决定的合法性和合理性的审查。一般来说，工伤认定书一旦作出，即具有法律效力，但在特定情况下，它是可以被推翻或撤销的。以下是对这一问题的详细解答：
一、工伤认定书的法律效力
工伤认定书是社会保险行政部门根据《工伤保险条例》等相关法律法规，对职工在工作中遭受事故伤害或患职业病是否属于工伤作出的认定决定。这一决定具有法律效力，是职工享受工伤保险待遇的重要依据。
二、工伤认定书被推翻或撤销的情况
认定事实不清或证据不足：
- 如果工伤认定书所依据的事实不清、证据不足，或者存在重大错误，那么该认定书可能会被推翻或撤销。例如，在案例中，如果社保部门在作出工伤认定时，未充分调查事故情况或未正确适用法律法规，导致认定结果与事实不符，那么用人单位或职工有权向法院提起诉讼，请求撤销该认定书。
程序违法：
- 如果工伤认定程序存在违法情形，如未依法受理、未依法调查取证、未依法送达等，那么该认定书也可能被推翻或撤销。程序违法会严重影响工伤认定的公正性和合法性。
用人单位或职工提出异议并经法院审查：
- 用人单位或职工对工伤认定书有异议的，可以在法定期限内向法院提起行政诉讼。法院会依法对工伤认定书进行审查，如果认为认定书存在上述问题，会判决撤销或变更该认定书。例如，在您提供的案例中，餐饮公司认为王某已签署赔偿协议且已离职，不应再认定为工伤，但法院经审理认为，不能因双方约定或单方承诺而改变法律上对工伤的认定，最终驳回了公司的诉讼请求。
三、如何推翻或撤销工伤认定书
收集证据：
- 如果认为工伤认定书存在错误，首先需要收集相关证据来支持自己的主张。这些证据可能包括事故现场照片、医疗记录、证人证言等。
提出异议：
- 在法定期限内，向作出工伤认定的社会保险行政部门提出异议，并提交相关证据。如果社会保险行政部门认为异议成立，可能会自行撤销或变更工伤认定书。
提起行政诉讼：
- 如果社会保险行政部门未采纳异议或未作出回应，可以在法定期限内向法院提起行政诉讼。法院会依法对工伤认定书进行审查，并作出判决。
四、建议
- 及时咨询专业律师：如果您对工伤认定书有异议，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及推翻或撤销工伤认定书的可能性和途径。
- 保留相关证据：在处理工伤事故过程中，务必保留好相关证据，如事故现场照片、医疗记录、证人证言等，以便在需要时提供支持。
- 遵守法定程序：在提出异议或提起行政诉讼时，务必遵守法定程序和要求，确保自己的主张能够得到合法、有效的支持。
综上所述，工伤认定书在特定情况下是可以被推翻或撤销的。如果您对工伤认定书有异议，建议及时咨询专业律师并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。