在处理公司非法集资案件时，对于员工的处理是一个复杂且需要细致考量的问题。这主要取决于员工在非法集资活动中的具体角色、知情程度以及参与程度。以下是对此问题的详细分析和建议：
一、员工分类及相应责任
一般员工（不知情且未参与核心环节）
- 责任界定：这类员工通常只是按照上级的指示进行日常工作，对公司非法集资的行为并不知情，也没有参与策划、组织或实施等关键环节。
- 处理原则：在接受调查时，他们应如实说明公司运营情况和非法集资相关事实。若能证明确实不知情且未参与违法行为，一般不会被追究刑事责任，可以恢复正常生活和工作。
知情或应当知情的普通员工
- 责任界定：这类员工可能对公司非法集资的行为有所察觉，或者根据其职位和职责应当知情，但并未直接参与核心环节。
- 处理原则：他们需要退还因非法集资获得的收入，并可能面临行政处罚，如罚款等。如果积极参与或协助虚假宣传等行为，还可能构成非法集资犯罪的共犯，依据《中华人民共和国刑法》将受到相应刑罚。
管理层员工或核心人员
- 责任界定：这类员工通常直接参与非法集资的策划、组织或实施，是非法集资行为的主要推动者。
- 处理原则：他们需要承担主要的刑事责任，量刑依据非法集资数额和后果等因素确定。同时，他们还需要退还个人违法收入，并配合司法机关对公司资金进行全面清退。
二、员工应采取的措施
及时举报：一旦知晓公司存在非法集资行为，无论是否直接参与，员工都有责任向相关部门（如公安机关、金融监管机构等）进行举报，以维护社会公共利益和自身合法权益。
咨询专业律师：涉及非法集资的员工应尽快咨询专业律师，了解自己的法律处境和可能面临的法律责任，以便采取适当的措施保护自己。
保留证据：所有员工都应保留与公司非法集资相关的证据，如邮件、聊天记录、文件等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
积极配合调查：在接受执法机关的调查时，员工应如实提供所需信息和资料，积极配合调查工作。这有助于查清事实，维护自身合法权益，并可能减轻或免除法律责任。
三、综合建议
- 加强法律意识：员工应增强法律意识，明确非法集资的严重性和法律后果，不参与任何非法活动。
- 建立健全内部控制机制：公司应加强内部合规管理，建立健全的内部控制机制，确保业务活动合法合规。这有助于预防类似事件的发生，保护公司和员工的合法权益。
- 及时寻求法律援助：在面临法律问题时，员工应及时寻求法律援助，以便更好地维护自己的权益。
总之，处理公司非法集资案件中的员工问题需要综合考虑多种因素，确保法律的公正性和合理性。员工应明确自己的法律责任，采取适当的措施保护自己免受法律追究，并积极协助相关部门进行调查和处理。