员工缺勤时工资的扣除是一个涉及多方面因素的问题，需要综合考虑国家法律法规、公司规章制度以及劳动合同的具体条款。以下是对这一问题的详细解答：

一、缺勤扣工资的基本原则

1. 合法合规性：扣款必须严格遵守国家法律法规，如《中华人民共和国劳动法》及相关规定，确保不侵犯员工的合法权益。
2. 透明性：公司应制定明确的缺勤扣款政策，并在员工入职时通过培训、手册或劳动合同附件等形式告知员工，确保员工了解并同意相关条款。
3. 合理性：扣款金额和方式应合理公正，避免过度惩罚或歧视性待遇，同时考虑员工的实际缺勤情况和公司的管理需要。

二、缺勤类型及扣工资计算方法

1. 事假缺勤：

   • 员工因个人原因请事假，通常会被扣除相应的工资。
   • 计算方式：应扣工资 = 日工资 × 事假天数。其中，日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天）。
   • 实例：如员工月工资6525元，日工资300元，请事假3天，则应扣900元。

2. 旷工缺勤：

   • 员工无故旷工，公司有权按照规章制度进行更严厉的处罚，包括扣除更多的工资甚至解除劳动合同。
   • 计算方式：应扣工资 = 日工资 × 旷工天数 + 额外处罚金额（如有）。额外处罚金额需根据公司规章制度确定，且不得违反法律法规。
   • 实例：如员工月工资8700元，日工资400元，旷工2天且被罚当日工资的50%，则应扣1200元（400元/天 × 2天 + 400元/天 × 50% × 2天中的罚款部分，但此处简化计算为直接加50%的日工资作为罚款，实际应根据公司具体规定）。

3. 病假缺勤：

   • 员工因病请假，在规定的医疗期内，公司应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。
   • 病假工资的支付标准可能低于正常出勤的工资，但不得低于当地最低工资标准的80%。
   • 具体计算方式需根据公司规章制度和当地法律法规确定。

4. 其他缺勤情况（如迟到、早退等）：

   • 可能根据公司规章制度被扣除部分工资或绩效分数。
   • 具体扣款标准需参考公司规章制度，并确保合法合规。

三、特殊情况处理

1. 跨法定节假日缺勤：法定节假日为带薪休假日，不应计入缺勤天数，因此不应扣除相应工资。
2. 集体合同或劳动合同约定：若集体合同或劳动合同中有特别约定，且不违反法律法规，应按约定执行。

四、员工权益保护

• 若用人单位扣工资行为不符合法律法规或劳动合同约定，员工有权通过协商、投诉、劳动仲裁等方式维护自身权益。
• 员工应了解并遵守公司缺勤管理制度，共同维护良好的工作秩序。同时，公司也应确保扣款政策的合法合规性，避免侵犯员工权益。

五、建议

• 公司方面：应制定明确、合法、合理的缺勤扣款政策，并在员工入职时充分告知。同时，定期审查和更新政策，确保其符合最新法律法规要求。
• 员工方面：应了解并遵守公司缺勤管理制度，如有疑问或异议，及时与公司沟通协商。在维护自身权益的同时，也需履行作为员工的义务和责任。