公司让员工签综合工时制，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

一、综合工时制的定义与适用范围

综合工时制，即综合计算工时工作制，是指用人单位因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，无法以标准工作时间衡量，因此采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。它主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。

二、综合工时制的合法性条件

1. 行业与岗位适用性：首先，公司必须确保所实施的综合工时制适用于其行业和岗位。如前所述，综合工时制主要适用于那些因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需连续作业的行业和岗位。

2. 劳动行政部门批准：其次，公司必须向劳动行政部门提出申请，并获得批准后，方可实施综合工时制。未经批准，公司不得擅自实行综合工时制。

3. 劳动合同或规章制度明确：公司应在劳动合同或规章制度中明确约定实行综合工时制，并确保员工对此有充分的了解。这有助于保护员工的合法权益，避免因工时制度不明确而引发的纠纷。

三、综合工时制下的工作时间与加班费计算

1. 工作时间计算：在综合工时制下，员工的工作时间是以周、月、季、年等为周期综合计算的。只要在一个综合计算周期内，员工的总工作时间不超过法定标准工作时间（即每日不超过8小时，每周不超过40小时），就不视为加班。

2. 加班费计算：如果在一个综合计算周期内，员工的总工作时间超过了法定标准工作时间，那么超出部分应视为加班，公司应按照法律规定支付加班费。具体来说，工作日延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

四、员工权益保护

1. 知情权：员工有权了解公司是否实行综合工时制，以及该制度的具体内容和实施方式。公司应确保员工对此有充分的了解，并在劳动合同或规章制度中明确约定。

2. 休息权：在综合工时制下，员工仍享有休息权。公司应合理安排员工的工作和休息时间，确保员工得到充分的休息和恢复。

3. 申诉权：如果员工认为公司违反了综合工时制的相关规定，侵犯了自己的合法权益，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。

五、建议与注意事项

1. 公司应谨慎实施综合工时制：在实施综合工时制前，公司应充分评估其适用性和可行性，并确保符合法定条件和程序。同时，公司应加强与员工的沟通和协商，确保员工对此有充分的了解和支持。

2. 员工应了解自己的权益：作为员工，应了解自己的权益和义务，包括工作时间、加班费、休息权等。如果公司要求签订综合工时制的劳动合同或规章制度，员工应仔细阅读并了解其内容，确保自己的权益不受侵犯。

3. 及时咨询与维权：如果员工对公司实施的综合工时制有疑问或认为自己的权益受到了侵犯，应及时向我咨询或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总之，公司让员工签综合工时制在符合法定条件和程序的情况下是合法的。但公司应谨慎实施该制度，并确保员工的权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。