结论：公司实行“上四休三”工作制时扣发底薪是否违反劳动法，需根据具体情况判断。若公司安排的工作时长、休息时间等符合法律规定，且扣发底薪有合法依据，则不违反劳动法；反之，则可能违反。
详细分析：
工作时长与休息时间：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若公司实行“上四休三”，且员工每日工作时长不超过八小时，每周总工时不超四十四小时，则该工作制在工时方面合法。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。“上四休三”工作制明确每周休息三天，远超法定要求，因此在休息时间方面也合法。
底薪扣发的合法性：
- 底薪是员工的基本工资，通常不应随意扣发。若公司因实行“上四休三”工作制而扣发底薪，需有合法依据，如双方劳动合同中有明确约定，或者公司规章制度中有相关规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定。
- 若公司无正当理由扣发底薪，如仅因工作制调整而单方面降低工资，则可能违反《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定，员工有权要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。
特殊行业与特殊工时制度：
- 对于医院、消防、电力等特殊行业，因其工作性质需24小时服务，可依据《劳动法》第三十九条采用特殊工时制度，如轮班制、不定时工作制等。若这些行业的“上四休三”经劳动行政部门批准，且保障员工休息与健康，同时底薪扣发有合法依据，则同样合法。
员工权益保障与实际操作建议：
核对劳动合同与规章制度：
- 员工应仔细核对劳动合同和公司规章制度中关于工资支付和工作制的规定，确保公司扣发底薪有合法依据。
与公司协商：
- 若员工对公司扣发底薪有异议，可先与公司协商，要求公司说明扣发原因并提供合法依据。
申请调解、仲裁或诉讼：
- 若协商不成，员工可依据《劳动法》第七十九条申请调解、仲裁或诉讼，维护自己的合法权益。
关注工作时长与休息时间：
- 员工应关注自己的工作时长和休息时间是否符合法律规定，若公司安排的工作时长超标或休息时间不足，员工有权提出异议并要求公司改正。
示例说明：
- 假设员工与公司签订的劳动合同中明确约定了底薪和工作时间，且公司实行“上四休三”工作制后，员工每日工作时长未超过八小时，每周总工时未超过四十四小时，同时公司规章制度中规定了因工作制调整而扣发底薪的具体情形和条件，且这些条件员工已知悉并同意。在此情况下，公司扣发底薪可能不违反劳动法。
- 反之，若公司无正当理由扣发底薪，如仅因工作制调整而单方面降低工资，且未与员工协商一致或未提供合法依据，则可能违反劳动法。员工有权要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。
总结与建议：
公司实行“上四休三”工作制时扣发底薪是否违反劳动法，需根据具体情况判断。员工应仔细核对劳动合同和公司规章制度，关注自己的工作时长和休息时间是否符合法律规定。若对公司扣发底薪有异议，可先与公司协商；协商不成，可申请调解、仲裁或诉讼维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。