单位将年休假清零通常是不合法的，但具体是否合法还需根据实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、年休假是劳动者的法定权益
根据《职工带薪年休假条例》的相关规定，年休假是劳动者依法享有的权利，用人单位应当保障劳动者享受年休假。具体来说：
- 第二条：机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 第五条：单位确因工作需要不能安排职工休年假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年假。对职工应休未休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。
二、年休假清零的合法性分析
未经员工同意擅自清零且未补偿：
- 年休假是劳动者的法定权益，用人单位无权单方面决定将其清零。如果用人单位未经员工同意，擅自将年休假清零，且未按照法律规定支付未休年休假的工资报酬，那么这种行为是违法的。
员工因个人原因书面放弃休假：
- 如果员工因个人原因书面提出不休年休假，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入。在这种情况下，年休假被“清零”并不违反劳动法，因为这是员工自愿放弃的权利。
用人单位已安排但员工未休：
- 若用人单位已主动安排员工休年假，但员工因自身原因书面提出不休，用人单位同样可以只支付正常工作期间的工资收入。此时，年假清零也不违反劳动法。但需注意，用人单位需有证据证明已主动安排休假且员工书面放弃。
跨年清零问题：
- 年休假原则上应在一个年度内安排，但用人单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排的，可以跨1个年度安排。然而，这并不意味着用人单位可以无限制地跨年清零年休假。如果用人单位无合理理由直接将本年度未休完的年假跨年清零，属于违法行为。若用人单位已履行合理的跨年度安排程序，并在第二个年度结束时对仍未休的年假进行了合理处理（如给予补偿或安排休假），则不一定违反法律规定。
三、实际案例与警示
在实际操作中，有些用人单位可能会以“跨年清零”为由，拒绝支付劳动者未休年休假的工资报酬。然而，这种做法是违法的，并且已经有多起相关劳动争议案件得到了法院的支持，判决用人单位支付劳动者未休年休假的工资报酬。
四、建议与措施
- 劳动者：如果遇到用人单位违法将年休假清零的情况，首先应与单位协商解决。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权利与义务，在必要时积极维护自己的合法权益。
- 用人单位：应严格遵守相关法律法规，合理安排员工年休假，确保员工的合法权益得到保障。如果因生产、工作特点确有必要跨年度安排年休假的，应提前与员工沟通并征得员工同意。
综上所述，年休假清零是否合法需根据具体情况判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。