学校在一定条件下有权扣发在编教师的工资，但这一行为必须严格遵循相关法律法规和学校的规章制度，确保合法、合理且程序规范。以下是对此问题的全面分析：
合法扣发工资的条件
正当理由：
- 学校可依据合法制定、民主程序通过并向教师公示的规章制度，对教师的工作表现、教学成果、师德师风等方面进行考核评估。若教师未能达到考核标准，学校可根据考核结果适当扣减工资，特别是绩效工资部分。
- 若教师违反了学校明确规定且合理合法的规章制度，如无故旷工、长期迟到早退、违反教学纪律等，影响了学校正常教学秩序或造成其他不良后果，学校也可按照既定制度扣减工资。
程序规范：
- 扣减工资的行为必须遵循公平、公正、公开的原则，有明确的事实依据和规范的程序。
- 制度制定需经过民主程序，如征求教师代表意见、通过教职工大会讨论等，并向教师进行公示告知，确保教师了解并同意相关扣减规定。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动合同法》第六十二条：用工单位（在此情境下可理解为学校作为用人单位）应当支付绩效奖金，这是用工单位的一项法定义务。绩效奖金作为员工合法权益的一部分，不应被随意克扣。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这包括基本工资和绩效工资等所有工资组成部分。
教师权益保护
沟通协商：
- 教师对学校扣发工资的行为存在异议时，首先应与学校进行沟通协商，要求学校说明扣发的理由并提供相关依据。
申诉与调解：
- 协商不成时，教师可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解，或向当地教育行政部门反映情况，寻求行政调解或申诉处理。
仲裁与诉讼：
- 调解不成或教师不愿调解的，可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对仲裁裁决不服的，教师还可以向人民法院提起诉讼，以法律手段维护自身合法权益。
特殊情况说明
- 病假情况：教师请病假时，工资的发放通常根据事业单位的规章制度确定。一般来说，病假在特定时间范围内的（如2个月以内），基本工资、级别工资等不受影响，但具体绩效工资的发放可能因学校规定而异。若学校规章制度中有明确规定病假期间绩效工资的扣减方式，且该规定合法合理，则学校可按照规定执行。
总结与建议
学校扣发在编教师工资的行为受到严格限制，必须确保合法、合理且程序规范。教师在面对此类情况时，应充分了解自己的权益，并在必要时通过合法途径维护自身权益。若您对学校扣发工资的行为有异议，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。