农村收取水费是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于当地是否有合法的收费依据、是否遵循了规定的程序，以及是否符合国家相关法律法规的要求。以下是对此问题的详细分析：
合法性的判断依据
政策与法律依据：
- 根据《中华人民共和国水法》及《取水许可和水资源费征收管理条例》等法律法规，地方政府有权结合本地区实际情况制定具体的水资源费征收办法。若当地政府已根据相关法律法规制定了水资源费征收政策，并经过了法定程序的批准、公示等，则此类收费行为具有合法依据。
特定情形的合法性：
- 对于直接从江河、湖泊或地下取用水资源的单位和个人（除家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水外），需按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定申请取水许可证，并缴纳水资源费。这种情况下，农村收取水费是合法的。
- 农村地区的集中供水工程，若供水单位为保障供水设施建设、运行维护、水质检测等需要资金支持，并在物价部门核准收费标准后向用水户收取包含水资源费在内的水费，此行为亦属合法合规。
程序合规性：
- 即使存在合法的收费政策，收费过程中也必须遵循规定的程序，如进行收费公示、使用合法票据等。若收费单位未按规定程序操作，如未出示收费标准文件或开具非正规票据，村民有权拒绝缴纳，并可向相关部门投诉。
不合法的情况
- 无收费依据：若当地未出台相关收费政策或文件，或收费主体未获得合法授权擅自收费，此行为不合法。
- 程序违规：即使存在收费政策，但未按程序执行（如未公示、未使用合法票据）也视为不合法收费。
特殊情形下的考虑
- 农村自来水保底收费：农村自来水保底收费的合法性也需根据具体情况判断。若供水单位通过合法程序征求意见，并报经当地物价部门审核批准后设定了合理的保底收费标准，且合同中明确约定了保底收费条款，则此类收费具有合法性。但若保底收费标准过高或未经合法程序设定，则可能不合法。
- 收据代替发票：农村收水费时，原则上应开具正规发票。若仅提供收据，则需根据具体情况判断其合法性。在代收性质且后续有正规处理或特殊政策允许的情况下，收据作为临时收款凭证可能具有一定合理性。但长期或滥用收据代替发票是不合法的，且可能导致监管缺失和法律纠纷。
建议与指导
- 咨询权威部门：对于农村水费的收取情况存在疑问时，建议咨询当地的水利部门或相关法律专业人士（如我）以获取准确解答。
- 关注政策动态：建议关注当地政府发布的相关公告和通知，及时了解最新的政策和法规动态以确保自身权益不受侵害。
- 保留证据：在缴纳水费时，务必要求收费单位提供正规票据或收据，并妥善保存以备不时之需。若发现任何不合法的收费行为，应及时向相关部门举报。
综上所述，农村收取水费的合法性需综合考虑多方面因素。在判断时，应重点关注当地是否有合法的收费依据、是否遵循了规定的程序以及是否符合国家相关法律法规的要求。同时，村民也应积极了解相关政策动态并咨询权威部门以保障自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。