自由工时考勤制度下工资的计算，需根据具体工时安排、劳动合同约定及法律法规综合确定，核心原则是确保劳动者工资权益不受损。具体分析如下：

1. 若劳动合同明确约定了工资计算方式
   根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应明确劳动报酬条款。若合同中已约定自由工时下的工资计算规则（如按实际出勤小时数、完成工作量等），则优先按合同执行。例如：

   • 按小时计薪：工资=实际出勤小时数×小时工资标准；
     
   • 按工作量计薪：工资=完成的工作量×单价（如计件工资）。
     需注意：小时工资标准不得低于当地最低工资标准折算后的小时工资（最低工资标准÷21.75÷8）。

2. 若劳动合同未约定或约定不明
   根据《劳动合同法》第十八条，此时应参照集体合同或同工同酬原则确定工资。具体操作：

   • 集体合同优先：若企业与工会签订了集体合同，且集体合同中规定了自由工时下的工资计算方式，则按集体合同执行；
     
   • 同工同酬：若无集体合同，则参照本单位相同或类似岗位劳动者的工资水平确定。例如，若其他员工采用标准工时制但工作内容相同，可参考其工资结构（如基本工资+绩效）进行折算。

3. 特殊情形下的工资计算

   • 加班工资：自由工时制下，若劳动者实际工作时间超过法定标准工时（如每日8小时、每周40小时），超出部分应按《劳动法》第四十四条支付加班工资：
     
     • 工作日加班：不低于工资的150%；
       
     • 休息日加班且未补休：不低于工资的200%；
       
     • 法定节假日加班：不低于工资的300%。
       需注意：若自由工时制已通过民主程序（如职工代表大会）确定为不定时工作制或综合计算工时工作制，则加班工资计算规则可能不同（如不定时工作制一般无加班工资，但法定节假日加班仍需支付）。
       
   • 最低工资保障：即使采用自由工时制，劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动，用人单位支付的工资也不得低于当地最低工资标准。

4. 实务建议

   • 劳动者：签订劳动合同时，务必明确自由工时下的工资计算方式（如是否包含绩效、加班工资如何计算等），并保留考勤记录、工资条等证据；
     
   • 用人单位：制定自由工时制度时，需依法履行民主程序（如与工会或职工代表协商），并报劳动行政部门备案，同时确保工资计算规则透明、合理。

若您对自由工时考勤下的工资计算仍有疑问，或需进一步分析具体案例，可直接向我咨询。