结论前置：查房时发现不是夫妻关系，并不直接构成违法，关键在于双方的行为是否合法、合规，以及是否能合理解释关系并遵守相关规定。具体处理方式会根据查房的主体（如派出所、酒店、医院等）以及双方的实际行为有所不同。
一、派出所查房
身份核实与关系询问：
- 警方会首先核实双方的身份信息，包括姓名、身份证号等，并查看相关证件。
- 接着，警方会询问双方的关系以及同住的原因，如是否为朋友、亲戚、合租室友等合法关系。
根据不同情况处理：
- 双方自愿且无违法行为：若双方能够证明彼此之间存在合法的非夫妻关系，且不存在金钱交易、强迫等违法情况，警方通常不会进行实质性处罚，而是进行简单的询问和了解情况后，允许双方正常生活。
- 涉及违法行为：
- 卖淫嫖娼：若发现存在金钱交易等卖淫嫖娼的证据，将依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第六十六条规定，对涉事人员处十日以上十五日以下拘留，并可并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。
- 非法同居及重婚罪：若其中一方或双方有配偶，又与他人以夫妻名义共同居住，可能涉嫌重婚罪。这属于刑事犯罪，公安机关在掌握一定证据后，会按照刑事诉讼程序立案侦查，并由法院根据《中华人民共和国刑法》第二百五十八条规定，对构成重婚罪的处二年以下有期徒刑或者拘役。
配合警方调查与权益保护：
- 双方应保持冷静、理智，尊重执法人员的权威，并如实提供相关信息。
- 公民也应了解自己的合法权益，确保在处理过程中不受侵犯。如果认为自己的权益受到侵害，可以向我咨询以获取法律建议。
二、酒店查房
一般处理方式：
- 酒店查房主要为了维护治安和管理秩序。若查房时发现双方非夫妻，工作人员通常会礼貌询问双方关系及入住登记信息。
- 只要双方能出示有效身份证件，且登记信息与实际情况相符（如登记为朋友、同事等），酒店一般不会进一步干涉。
涉及违法违规行为：
- 若怀疑存在卖淫嫖娼等违法行为，酒店或警方可能进一步调查，包括查看聊天记录、询问入住目的及费用支付情况等。
- 若违反酒店特定规定（如禁止未婚男女混住），酒店有权按规定要求客人更换房间或采取其他措施。
三、医院查房
一般处理方式：
- 医院查房时，若发现探视人员与患者非夫妻，医护人员会询问探视人员身份及与患者的关系。
- 只要探视人员能合理说明身份（如亲属、朋友等）并遵守医院探视规定，通常不会有问题。
特殊情况处理：
- 若探视人员行为影响患者治疗或其他病人休息，如大声喧哗、吸烟等，医护人员有权要求其离开病房。
四、通用建议
保持冷静与配合：
- 遇到查房时，请保持冷静，不要惊慌失措，并配合执法人员的询问和调查。
诚实解释关系：
- 如实解释双方关系性质，避免隐瞒或编造事实，以减少不必要的误解和麻烦。
保护个人隐私：
- 在回答问题时，注意保护个人隐私，避免透露过多敏感信息。
遵守法律法规：
- 确保自己的行为符合当地法律法规，不从事任何违法活动。
寻求法律帮助：
- 如认为自身权益受到侵犯或对查房过程有疑虑，可以直接向我咨询以获取法律建议和帮助。
法律依据：
- 《中华人民共和国治安管理处罚法》第六十六条：卖淫、嫖娼的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。在公共场所拉客招嫖的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。
- 《中华人民共和国刑法》第二百五十八条：有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。