当事人申请法院整体回避是一个相对复杂且在法律实践中较为罕见的情形。在处理这类申请时，法院会遵循一系列严谨的程序，并结合法律规定和司法实践，以确保案件的公正审理和当事人的合法权益。以下是对这一问题的详细解答：
一、申请法院整体回避的审查
严格审查申请理由：
- 法院会对当事人提出的整体回避申请理由进行细致审查，主要关注是否存在与案件有利害关系或其他可能影响公正审理的关系。
- 常见的法定回避事由，如审判人员与本案有利害关系、与当事人或诉讼代理人有其他关系等，在整体回避的申请中同样适用，但需特别关注是否有证据显示整个法院的法官都与案件存在不当关联。
法律依据的考量：
- 虽然《中华人民共和国刑事诉讼法》和《中华人民共和国民事诉讼法》等法律主要规定了具体审判人员的回避，并未直接涉及法院整体回避，但法院在处理这类申请时，会结合公平、公正原则以及法律精神进行综合考量。
二、处理方式与程序
驳回申请：
- 若经审查发现申请缺乏事实和法律依据，法院会作出驳回决定的书面裁定，并告知当事人复议的权利。
特殊情况下的处理：
- 在极为特殊的情况下，如案件存在影响公正审判的合理怀疑且不宜由该法院继续审理，受案法院会层报上级人民法院。
- 上级法院会根据具体情况采取相应措施，如指定其他法院管辖，以实现法院整体回避的效果。
决定与执行：
- 法院应在规定期限内（如三日内）以口头或书面形式作出是否回避的决定。
- 若决定回避，则更换法院管辖；若不回避，则书面通知申请人并说明理由。
- 当事人对决定不服的，可申请复议一次。
三、复议程序
复议权利的告知：
- 法院在作出驳回回避申请的决定时，会明确告知当事人享有复议的权利。
复议申请的提出：
- 申请人对驳回回避申请的决定不服的，可以在接到决定时申请复议一次。
复议审查与决定：
- 复议申请通常由作出原决定的法院的上一级法院进行复议（具体可能因地区或特定规定而异，需参考当地法律法规）。
- 复议机关应在三日内作出复议决定，并通知复议申请人。该复议决定为最终决定。
- 如果复议决定同意回避申请，被申请回避的法院将不再参与本案的审理。
四、特殊情形的考虑
在某些特殊情形下，如法院所在地发生严重自然灾害等不可抗力事件，导致有管辖权的法院无法正常行使职权时，也可以报请上级法院指定管辖，从而实现法院整体回避的效果。
五、总结与建议
当事人申请法院整体回避是一个涉及法律程序和司法公正的重要问题。法院在处理这类申请时，会严格依据法律规定进行审查，并结合具体情况和当事人的合理诉求作出公正决定。对于当事人而言，如果认为法院整体存在影响公正审判的情形，应提供充分的证据和理由来支持其申请。同时，也应了解并尊重法院的审查程序和决定结果，通过合法途径维护自己的权益。