职工被刑事拘留期间，用人单位有权依据相关法律法规停发工资，但具体处理还需根据职工的最终法律结果及劳动合同中的相关约定来确定。以下是对此问题的详细解析：

一、基本规定

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第二十八条的规定，劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，在劳动者被限制人身自由期间，用人单位可与其暂时停止劳动合同的履行。在此期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务，这自然包括了工资支付。

二、具体情形分析

1. 被限制人身自由期间：

   • 用人单位有权停发工资，因为此时劳动合同的履行暂时中断。
   • 若劳动者最终被证明无罪或被撤销案件、不起诉、判决宣告无罪，用人单位需恢复其工作，并补发被限制人身自由期间的工资。这是基于对劳动者合法权益的保护，确保其在未被定罪前不受不公平待遇。

2. 被判刑情况：

   • 若劳动者被判刑，用人单位可以与劳动者解除劳动关系，且无需支付经济补偿金。这是因为判刑通常意味着劳动者违反了法律，用人单位有权根据法律规定解除劳动关系。
   • 但若劳动合同中有特别约定（如“被判刑则合同自动终止”等），则需按合同约定执行。这体现了合同自由原则，即双方可以在合同中约定不同于法律规定的条款。

3. 特殊情况处理：

   • 对于因履行工作职责而遭受伤害被认定为工伤的职工，即使他们犯罪或违反治安管理导致伤亡，也仍应享受工伤保险待遇。这是基于《企业职工工伤保险试行办法》的相关规定，体现了对工伤职工的特殊保护。

三、实际操作建议

1. 用人单位：

   • 在处理职工被刑事拘留期间的工资问题时，应严格遵循相关法律法规，确保合法合规。
   • 同时，应关注劳动者的合法权益，避免引发不必要的法律纠纷。例如，在劳动者被证明无罪后，应及时恢复其工作并补发工资。

2. 劳动者：

   • 应了解自身权益，在被错误限制人身自由或后续法律结果发生变化时，依法维护自己的合法权益。
   • 若认为用人单位的处理方式不当，可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。

四、法律后果

• 若用人单位违反规定停发工资或未补发工资，可能面临劳动争议调解仲裁机构的调解或仲裁，甚至可能被人民法院判决支付工资及赔偿金。
• 若劳动者滥用权利，如故意犯罪以获取不当利益，也可能面临法律制裁。

总结来说，职工被刑事拘留期间，用人单位有权停发工资，但具体处理需根据职工的最终法律结果及劳动合同中的相关约定来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。