关于员工抽烟被公司罚款是否合法的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下的不合法性
在大多数情况下，公司对抽烟员工进行罚款是不合法的。这主要基于以下几点法律原则：
法律授权缺失：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律的核心在于保障劳动者的合法权益，而非赋予用人单位罚款的权力。
财产权保护：罚款属于财产罚，是对公民财产权的一种剥夺。根据我国宪法和法律规定，公民的合法财产受法律保护，非经法定程序和法定事由，任何单位和个人不得随意剥夺。公司作为非行政执法机关，无权对员工实施罚款行为。
行政处罚权的限制：罚款本质上是一种行政处罚权，根据《中华人民共和国行政处罚法》，只有具有行政处罚权的行政机关才能在法定职权范围内实施罚款。公司并非行政机关，因此不具备法律赋予的行政处罚权。
二、特定情形下的合理性探讨
尽管在一般情况下公司罚款不合法，但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定合理性。这主要涉及以下几点：
规章制度合法性：公司规章制度必须明确规定禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定了相应的违规处罚措施。同时，该规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者进行了公示或者告知。
罚款性质与金额合理性：在这种情况下，员工违反规定在禁止吸烟区域吸烟，公司按照规章制度进行的经济处罚，其性质更倾向于一种违约责任的承担方式。罚款金额应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。
三、员工权益保护建议
作为员工，您有权了解并遵守公司的规章制度。同时，如果公司对您进行罚款，您也有权采取以下措施保护自己的合法权益：
核实罚款依据：首先，核实公司罚款是否基于合法有效的规章制度，以及该规章制度是否已经向您公示或告知。
提出异议与申诉：如果您认为公司罚款行为不合理或存在违法行为，可以向公司相关部门提出申诉，要求公司重新审查并作出公正处理。
寻求法律援助：若公司未能给予公正处理或您认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。这包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定合理性。作为员工，您应了解自己的权益并采取措施保护自己。