“两班倒12小时”工作制的合法性需根据具体情况综合判断，主要涉及工作时间、休息休假、加班工资支付及审批程序等多个方面。 以下是详细分析：
合法情形
综合计算工时工作制下：
- 对于需要实行综合计算工时工作制的岗位，如因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准后，可以实行综合计算工时工作制。在此制度下，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。
- 如果“两班倒12小时”工作制在综合计算周期内确保劳动者的总工作时间未超过法定标准，并且合理安排了补休，那么这种工作制在工作时间方面是合法的。但超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费。
不定时工作制下：
- 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行不定时工作制。此制度下无固定上下班时间限制，因此单纯的“两班倒12小时”不能直接认定违法。
- 但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，且该制度也需经过劳动行政部门的审批。
加班工资支付合规：
- 若劳动者的工作时间超过了法定标准，企业必须按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。具体为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。
- 如果企业按照规定支付了加班工资，且总工作时间未超过综合计算周期内的法定标准，那么“两班倒12小时”工作制在加班工资支付方面是合法的。
不合法情形
工作时间严重超时且无补休和加班工资：
- 如果企业长期实行“两班倒12小时”工作制，导致劳动者的工作时间远远超过法定标准，且未安排补休或支付加班工资，这种情况是违法的。
未保障劳动者休息权利：
- 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若企业未遵守这一规定，也是不合法的。
违反加班时长限制：
- 即使因生产经营需要延长工作时间，也必须遵守每日不得超过三小时、特殊原因下不得超过六小时，以及每月累计加班时长不得超过三十六小时的规定。若“两班倒12小时”工作制导致加班时长超标，则构成违法。
未经审批实行特殊工时制度：
- 若企业未经劳动行政部门批准，擅自实行综合计算工时工作制或不定时工作制，而采用“两班倒12小时”工作制，则构成违法。
建议与指导
- 对于企业：在实行“两班倒12小时”工作制前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，包括工作时间、休息休假、加班工资支付以及特殊工时制度的审批等。确保获得必要的审批，并依法支付加班工资，合理安排补休。
- 对于劳动者：应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如有疑问或发现权益受损，如工作时间超标、未支付加班工资或未安排补休等，应及时采取措施维护自身合法权益，比如先与企业协商，协商不成可以向当地劳动监察部门投诉。
综上所述，“两班倒12小时”工作制的合法性取决于多个因素的综合考量。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。