结论：三方协议中违约金超过5000元是否合法，需结合具体情况判断，包括协议约定、实际损失、公平原则及行业惯例等因素。若违约金数额过高且无正当理由，违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少。以下从多个角度详细分析：

一、法律规定与违约金上限

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 特定情形下的限制：

   • 对于应届毕业生不履行三方协议的情况，虽然法律没有明确规定违约金的具体上限，但实践中，若违约金数额过高且无正当理由，可能被视为不合理。特别是在某些地区或行业，可能存在普遍认可的违约金标准，如最高不超过5000元，这可以作为判断违约金合理性的参考。

二、协议约定的有效性

1. 自愿平等原则：

   • 如果三方协议中明确约定了违约金的数额，且该约定是在双方自愿、平等的基础上达成的，不违反法律法规的强制性规定，那么从形式上看，该约定是有效的。

2. 调整可能性：

   • 即使协议中有明确约定，如果违约金数额明显过高，超出了因违约行为可能造成的损失，违约方在诉讼或仲裁过程中仍可以请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。法院或仲裁机构在判断时，会综合考虑违约行为的性质、违约方的过错程度以及守约方的实际损失等因素。

三、实际损失与公平原则

1. 综合考量因素：

   • 法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑违约行为的性质、违约方的过错程度、守约方的实际损失以及行业惯例等因素。例如，若违约行为导致用人单位不得不重新招聘并因此多支出招聘成本，那么较高的违约金可能被认定为合理。

2. 公平原则：

   • 违约金的约定应遵循公平原则，即违约金数额应与违约造成的损失相匹配，以弥补守约方的实际损失为原则。过高的违约金可能导致不公平的结果，影响毕业生的就业选择和权益。

四、行业惯例与交易习惯

1. 行业标准：

   • 在某些行业或特定领域，可能存在普遍认可的违约金标准。如果5000元以上的违约金在该行业内是常见且合理的，结合其他因素，这种约定也可能被认定为合法。

2. 参考意义：

   • 行业惯例和交易习惯可以作为判断违约金合理性的参考依据，但并非决定性因素。在判断时，仍需结合具体案例情况进行分析，确保违约金的约定既符合法律法规的要求，又体现公平合理的原则。

五、实务建议

1. 签订协议前：

   • 毕业生在签订三方协议前，应仔细审查违约金条款，确保其符合法律法规的要求，并且数额合理、违约情形明确。如有疑问，可及时咨询专业人士（即向我咨询），以便更好地理解协议内容并维护自身权益。

2. 面临纠纷时：

   • 若因违约金问题产生纠纷，毕业生应首先尝试与用人单位协商解决。若协商不成，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分证据证明违约金数额过高且无正当理由，以便法院或仲裁机构作出合理判断。

示例说明：假设毕业生小张与用人单位A签订了三方协议，并约定违约金为8000元。后因个人原因，小张决定违约并拒绝入职A公司。A公司因此不得不重新招聘并多支出了6000元招聘成本。在此情况下，若A公司向法院起诉要求小张支付8000元违约金，法院可能会综合考虑实际损失（6000元）、合同履行情况、当事人过错程度等因素，认为8000元违约金过高并适当减少至6000元或更低数额。

总结：三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据具体情况进行综合判断。毕业生在签订协议时应仔细审查违约金条款，并在面临纠纷时及时寻求法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。