保安两班倒12小时的工作制度是否合法，需结合具体情况及工时制度来判断，一般情况下，未经特殊审批且未依法支付加班工资或安排补休的保安12小时制两班倒工作制度是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、标准工时制下的合法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益的基本规定。在标准工时制下，保安每天工作12小时显然超出了法定工作时间，因此，未经特殊审批且未依法支付加班工资或安排补休的，这种工作制度是违法的。

二、特殊工时制下的合法性

尽管存在标准工时制度，但《中华人民共和国劳动法》也规定了特殊情况下的工时延长条件，以及不定时工作制和综合计算工时工作制。

1. 不定时工作制：此制度下无固定上下班时间限制，因此单纯的“12小时两班倒”不能直接认定违法。但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，且需经劳动行政部门审批。

2. 综合计算工时工作制：经批准实行此制度的，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。若“12小时两班倒”导致周期内工作时间总和超标，超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费；未超标则不违法，但同样需经劳动行政部门审批。

三、加班工资与休息休假

对于超出标准工时的工作时间，用人单位应依法支付加班工资或安排补休。按照法律规定：

• 安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的工资报酬；
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；
• 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。

同时，用人单位还应保证劳动者每周至少休息一日。若用人单位未依法支付加班工资或安排补休，那么即使采用了特殊工时制，每天工作12小时的安排也是不合法的。

四、违法后果与应对措施

如果用人单位强制要求保安人员每天工作12小时，且未依法支付加班工资或安排补休，那么这种行为将构成违法。劳动者有权向劳动行政部门投诉，维护自己的合法权益。用人单位则可能面临法律处罚和社会声誉损失等严重后果。

五、建议与总结

1. 对于用人单位：应严格遵守劳动法的规定，合理安排保安人员的工作时间和休息休假，确保劳动者的身心健康和合法权益得到充分保障。若需实行特殊工时制，应依法向劳动行政部门申请审批。

2. 对于保安人员：如认为用人单位的工时安排和加班报酬支付不合理、不合法，有权与用人单位协商。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，保安两班倒12小时的工作制度是否合法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。