招标代理费由中标单位支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规基础
《中华人民共和国招标投标法》：该法第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。虽然该法并未直接规定招标代理费的支付主体，但为招标代理服务费的收取提供了基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
政策调整与市场调节：根据《关于放开部分服务价格意见的通知》（发改价格〔2014〕2755号）及后续相关文件，招标代理服务收费标准已由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性，只要这种收费行为符合市场规律和法律法规要求。
二、支付主体的约定与合法性
常规做法：在大多数情况下，招标代理服务费由招标人支付。这是因为招标人是招标活动的发起者和受益者，承担招标代理服务费用是合理的。
特别约定：然而，若招标人、招标代理机构与投标人在招标文件中有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费可以由中标人支付。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。例如，《中国招标投标协会关于贯彻<国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知>的指导意见》【中招协(2015)026号】就明确指出，经事先约定，招标代理服务费可由中标人承担，并应在招标文件中注明。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：无论采用哪种支付方式，都应在招标文件、委托代理合同等相关文件中明确约定，以避免后续产生纠纷。约定应清晰、无歧义，并符合法律法规的强制性规定。
遵循法律法规：在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和招标文件的具体规定，确保招标代理费用的支付符合法律要求。例如，不得存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。
风险防范：若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。因此，建议招标人在招标前明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述；中标单位在参与投标时，也应仔细审查招标文件中的相关条款。
四、综合建议
为确保整个招标投标活动的合法性和公平性，建议招标人在招标文件中明确招标代理服务费的收取标准、支付方式及支付主体等关键信息。同时，招标代理机构也应遵循诚信、公正的原则，合理确定服务费用，维护市场秩序和当事人的合法权益。如果在实际操作中遇到任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。