针对您提出的“二次入职的员工是否有试用期”这一问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条第二款的规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是明确且具有法律效力的，它规定了无论劳动者在同一用人单位内经历了多少次离职与入职，用人单位都只能与其约定一次试用期。

接下来，我们来看您提到的具体情况：员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的上述规定，这并不影响“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期”的原则的适用。也就是说，即使员工再次入职的是与之前完全不同的岗位，用人单位也不能与其重新约定试用期。

此外，您还提到了一些劳动部的文件，如《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》中，有关于“针对不同岗位可重新约定试用期”的表述。但需要注意的是，这些文件的相关内容与《劳动合同法》不一致时，我们应优先适用《劳动合同法》的规定。这是因为《劳动合同法》是更高级别的法律文件，具有更高的法律效力。

综上所述，无论员工二次入职的是何种岗位，只要是在同一用人单位内，用人单位都不能与其重新约定试用期。这是由《中华人民共和国劳动合同法》明确规定的，也是我们在处理此类问题时必须遵循的法律原则。

希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律规定，并在实际工作中正确应用。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。