关于“租机5000还9000是否合法”的问题，这主要取决于租赁合同中的具体条款以及相关法律法规的适用情况，不能一概而论，以下分情况讨论：
若合同条款合法且明确约定了租金及还款总额：
- 如果租赁合同中明确约定了租金总额为5000元，但同时约定了其他费用（如手续费、管理费、利息等）共计4000元，且这些费用在合同中有明确的说明和计算方式，同时不违反相关法律法规的强制性规定（如利率上限等），那么总还款额9000元在合同上是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，如果合同中的费用条款合法且明确，那么总还款额就是合法的。
若合同条款存在模糊或违法情况：
- 如果租赁合同中的费用条款模糊不清，或者约定的费用（如利息、手续费等）超过了法律规定的上限，那么总还款额9000元可能就不合法。例如，如果合同中约定的利息过高，超过了法定利率上限，那么超出部分的利息将不受法律保护。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》等相关法律法规，民间借贷的利率有上限规定，超出部分的利息不予保护。虽然租赁合同与民间借贷合同在性质上有所不同，但在涉及利息等费用时，仍需遵守相关法律法规的强制性规定。
若存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果租赁合同的签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致一方在违背真实意思的情况下签订了合同，那么该合同可能无效或可撤销。在这种情况下，总还款额9000元的合法性也将受到质疑。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因欺诈、胁迫等情形签订的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。合同被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
建议：
- 如果你对租赁合同中的费用条款有疑问或不确定其合法性，建议仔细审查合同内容，并咨询专业律师进行法律分析。
- 如果发现合同中存在违法或模糊不清的条款，应及时与对方协商修改或解除合同，以避免不必要的法律风险。
- 在签订任何合同之前，都应仔细阅读合同条款，确保自己完全理解并同意合同内容。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。