银行合并后，存款超过50万的部分，其安全性及赔付机制需分情况讨论，核心结论如下：
若合并为正常商业合并，且合并后银行资质健全
根据《存款保险条例》，存款保险实行限额偿付，最高偿付限额为人民币50万元。但这一限额仅适用于“被保险存款”，即存款人在同一家投保机构名下的本币和外币存款。若银行合并后，原银行的存款保险关系自动转移至合并后的新银行（需新银行仍为投保机构），则：
- 存款人在合并前各银行的存款总额未超过50万：合并后仍按原额度享受全额保障；
- 存款人在合并前某一家银行的存款超过50万：超出部分需依赖合并后银行的资产质量及偿付能力。若新银行经营正常，存款人可正常支取；若新银行破产，超出50万的部分将按《企业破产法》参与破产清算，清偿顺序为：职工工资→社保费用→税款→普通债权（存款属于普通债权），实际清偿比例可能较低。
若合并因银行风险处置引发（如接管、重组）
若银行合并是因严重风险（如资不抵债）被监管部门介入，存款保险基金可能启动“风险处置程序”。此时：
- 50万以内部分：由存款保险基金全额偿付；
- 超出50万部分：若合并方案中明确由健康银行承接全部负债（如“过桥银行”模式），则存款人可全额取回；若仅承接部分负债或未明确安排，超出部分仍需参与破产清算，清偿顺序同上。
特殊情形：大额存单或结构性存款
- 大额存单：若发行时已明确纳入存款保险范围，则适用50万限额；若未明确（如部分外资银行产品），可能不享受保障；
- 结构性存款：若本金纳入存款保险（如保本型），则本金部分适用50万限额；收益部分通常不保障。
行动建议：
- 核实合并后银行的存款保险资质（可通过央行官网查询）；
- 若存款超50万，可分散存入不同银行（每家银行独立享受50万保障）；
- 关注合并公告中的负债承接方案，明确超出部分的处理方式；
- 若合并后银行出现经营异常，及时通过法律途径主张权利（如申报债权、参与债权人会议）。
如有进一步疑问（如具体银行合并案例、合同条款解读），可直接向我咨询。