工资通过微信转账支付在符合一定条件下是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

合法性依据

1. 法律未明确禁止：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，并未明确限定支付方式必须为现金或银行转账。因此，从广义上讲，微信转账作为一种电子支付方式，也可以视为一种货币形式的支付手段。
   • 《工资支付暂行规定（1994年版）》第六条也指出，用人单位可委托银行代发工资，但并未禁止其他合法支付方式，如微信转账。同时，该规定要求用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查，这同样适用于微信转账的情况。

2. 实际案例支持：

   • 在实际操作中，许多企业已经采用微信转账的方式发放工资，特别是在一些小型企业或个体工商户中更为常见。这些企业通过微信转账方便快捷地完成了工资的发放工作，且未受到法律的制裁。

合法情况与注意事项

1. 劳动合同中的明确约定：

   • 用人单位与劳动者应在劳动合同中明确约定使用微信转账作为工资支付方式，以避免日后产生纠纷。
   • 用人单位在使用微信转账前，应明确告知劳动者并征得同意，确保双方对支付方式有共同认知。

2. 规范操作与证据留存：

   • 微信转账记录虽可作为支付凭证，但其规范性和证明力相对较弱。建议劳动者在收到工资后，及时确认金额和用途，并妥善保存相关证据，如转账记录截图、聊天记录等。
   • 用人单位应建立健全的财务管理制度，确保转账准确性，并及时处理任何支付问题。同时，应保留完整的支付记录，包括数额、时间、领取者姓名及确认收款的信息，以满足《工资支付暂行规定》的要求。

3. 税务与财务管理：

   • 用人单位需确保通过微信转账支付的工资能够准确进行税务申报和财务管理，避免逃税漏税行为。
   • 隐瞒工资收入、虚假申报个人所得税等可能导致税务违法行为，用人单位应如实申报个人所得税，配合税务机关检查，提供必要的转账记录和资料。

不合法情况与风险

1. 逃避税费责任：

   • 若公司利用微信转账逃避社保缴纳和个人纳税义务，则属于违法行为。劳动者有权举报并维护自身权益。

2. 劳动纠纷风险：

   • 如果发生劳动纠纷，如拖欠工资、加班费等，微信转账记录可能不足以作为充分的证据来维护员工的权益。相比之下，银行转账记录具有更高的法律效力，更容易被法院认可。

3. 金额限制与安全风险：

   • 微信转账存在单笔和单日限额的限制，对于工资金额较大的情况可能不适用。
   • 微信支付虽具有一定安全性，但仍存在被盗刷、诈骗等风险。一旦员工的微信账户被盗或被骗，其工资收入可能会遭受损失。

建议与措施

1. 优先考虑正规渠道：

   • 企业应优先选择通过银行转账等正规渠道发放工资，以确保支付的合法性和安全性。

2. 加强员工培训：

   • 提高员工对工资发放方式的认识和风险意识，引导其正确使用微信等第三方支付平台，并妥善保管个人信息和账户安全。

3. 咨询与合规：

   • 在具体操作前，建议用人单位咨询专业的法律或财税专家，了解当地的具体规定和要求，确保工资发放的合法性和合规性。

综上所述，工资通过微信转账支付在法律上是允许的，但前提是必须得到双方的明确约定，并严格遵守相关法律法规。用人单位应建立健全的财务管理制度，确保支付的合法性和合规性；劳动者则应保留好相关证据，以维护自己的合法权益。在实际操作中，双方都应谨慎行事，避免因支付方式的不当选择而引发不必要的法律纠纷。