工资通过微信转账在合法合规的前提下是合法的。以下从多个角度为你详细分析：

合法性依据

1. 法律未明确禁止：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，但并未明确限定支付方式必须为现金或银行转账。微信转账作为一种电子支付方式，其本质也是货币的转移，因此并不违反该规定。
2. 实际案例支持：在实际操作中，许多企业，尤其是小型企业或个体工商户，已经采用微信转账的方式发放工资，且未受到法律的制裁。这表明，在符合相关法律法规的前提下，微信转账发放工资是被接受的。

合法情况

1. 双方约定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中明确约定通过微信转账发放工资。只要双方同意且不违反法律规定，这种支付方式就是合法的。
2. 合规操作：微信转账作为电子支付方式，其合法性还在于是否按照法律法规进行申报、记录和缴纳相关税费。用人单位应确保通过微信转账支付的工资能够准确进行税务申报和财务管理，避免逃税漏税行为。

不合法情况及风险

1. 逃避税费：若公司利用微信转账逃避社保缴纳和个人纳税义务，则属于违法行为。这不仅损害了劳动者的权益，也违反了国家的税收法规。
2. 证据留存难：微信转账记录作为电子证据，其证明效力可能较弱。如果发生劳动纠纷，如拖欠工资、加班费等，微信转账记录可能不足以作为充分的证据来维护员工的权益。相比之下，银行转账记录具有更高的法律效力。
3. 金额限制与安全风险：微信转账存在单笔和单日限额的限制，对于工资金额较大的情况可能不适用。此外，虽然微信支付具有一定的安全性，但仍存在被盗刷、诈骗等风险。

合规建议与措施

1. 规范操作流程：用人单位应制定详细的微信转账发工资操作流程，明确时间、方式、金额等细节。同时，建立健全工资支付台账，详细记录每一笔转账信息，包括数额、时间、领取者姓名及确认收款的信息，确保真实性和完整性。
2. 加强证据留存：除了微信转账记录外，用人单位和劳动者还应保存聊天记录、工资确认信息等相关资料。必要时，可以签订工资支付协议，明确支付方式和相关事项，以增强证据效力。
3. 确保合规报税：用人单位应如实申报个人所得税，避免逃税行为。同时，配合税务机关检查，提供必要的转账记录和资料。
4. 谨慎操作与保存记录：在转账过程中，用人单位应确保转账信息准确无误，并及时与员工确认收款情况。同时，妥善保存所有转账记录，以备不时之需。

特殊情况处理

1. 劳动合同变更：若用人单位未经劳动者同意擅自改变工资支付方式，可能构成对劳动合同的变更。在这种情况下，劳动者有权要求按原约定方式支付工资。
2. 劳动者权益保护：如果劳动者发现用人单位利用微信转账逃避税费或存在其他违法行为，有权向相关部门举报并维护自身权益。

综上所述，工资通过微信转账在合法合规的前提下是合法的。但用人单位需严格遵守相关法律法规，规范操作流程，加强证据留存，并确保合规报税。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。