迟到扣工资是否违法，不能一概而论，而是需要结合具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
规章制度合法且合理的情况
- 如果用人单位在员工手册或劳动合同中明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规的强制性规定，同时扣款金额合理，没有超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准，那么这种扣款行为是合法的。
- 举例：假设某公司规定，员工迟到一次扣除当月绩效奖金的5%，且该规定已经过民主程序制定并公示，同时该员工的月工资扣除后仍高于当地最低工资标准，那么这种扣款就是合法的。
规章制度不合法或不合理的情况
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力，公司依据此类规章制度进行扣款可能构成违法行为。
- 如果扣款金额过高，超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，也可能构成对劳动者合法权益的侵害，属于违法行为。
- 举例：假设某公司未经民主程序制定规定，擅自决定员工迟到一次扣除当天工资，且该员工的月工资扣除后低于当地最低工资标准，那么这种扣款就是违法的。
以迟到为由恶意克扣工资的情况
- 如果公司以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。
法律建议：
- 作为劳动者，在入职前应仔细了解用人单位的规章制度，特别是关于劳动报酬和考勤管理的部分，确保自己的权益不受侵害。
- 如果遇到用人单位不合理扣工资的情况，首先尝试与用人单位进行协商，了解扣工资的具体原因和依据，并表达自己的合理诉求。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 如果投诉仍未解决问题，还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结：迟到扣工资是否违法，取决于用人单位的规章制度是否合法、合规，以及扣减工资的行为是否合理。因此，在遇到此类问题时，应综合考虑多个因素，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。