在综合工时制下，年休假不应算作工时。以下是对这一结论的详细解释和分析：

一、年休假的性质与目的

年休假是《职工带薪年休假条例》赋予劳动者的合法权益，其目的在于保障劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，从而恢复体力和精力。年休假是劳动者的一种福利，其本质是为了让劳动者得到充分的休息，而非继续提供劳动。因此，从年休假的性质和目的来看，它不应被计入工时总数中。

二、综合工时制的特点与工时计算原则

综合工时制是一种特殊的工时制度，它以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间。在这种制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但具体的工作时间安排更加灵活。工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间，而年休假期间劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年休假时间计算在工时内。

三、法律依据与实际操作

1. 法律依据：

   • 根据《职工带薪年休假条例》及相关劳动法规定，无论采用何种工时制度，职工均享有带薪年假的权利，且年假期间工资照发。这一规定明确了年休假是劳动者的合法权益，不受工时制度的限制。

2. 实际操作：

   • 在实际操作中，用人单位应合理安排职工的年假时间，确保职工能够享受到应有的带薪年假权益。同时，用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别，以确保工时计算的准确性和合规性。

四、年假期间工资的计算与未休年假的补偿

1. 年假期间工资的计算：

   • 年休假期间视为正常出勤，用人单位应按正常出勤应得的工资标准支付报酬。这包括基本工资、奖金、津贴等固定收入部分，但不包括加班工资。

2. 未休年假的补偿：

   • 如果用人单位经职工同意不安排年休假或安排天数少于应休天数的，需支付未休年休假工资报酬。补偿标准按照职工日工资收入的300%支付，其中包含正常工作期间的工资收入。由于已包含正常工作期间的工资收入，因此实际还需额外支付的金额为日工资收入的200%。

五、特殊情况下的考虑

虽然年休假一般不应算作工时，但在某些特殊情况下，如用人单位与劳动者另有约定，或者劳动合同、集体合同中有特别规定，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么年休假是否算作工时可能需要根据具体情况进行判断。然而，在大多数情况下，年休假是劳动者的合法权益，不应被计入工时总数中。

总结与建议：

在综合工时制下，年休假不应算作工时。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到有效保障。如果劳动者对年休假或工时计算有疑问或争议，建议及时与用人单位沟通协商，或寻求法律援助以维护自身权益。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。