在我国现行的劳动法体系下，公司直接对员工进行罚款通常是违法的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实践情况：
一、法律依据与罚款的违法性
劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并不具备对劳动者进行经济处罚（即罚款）的权利。这两部法律的核心在于保护劳动者的合法权益，并未赋予用人单位罚款的权力。
行政处罚权的限制：罚款作为一种行政处罚行为，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织在法定职权范围内实施。公司作为普通的民事主体，并不具备这种行政处罚权。
法律责任：如果公司违法对员工进行罚款，将面临劳动保障行政部门的责令限期支付克扣的工资，并可能加付赔偿金等法律责任。
二、合法经济扣减的情形
尽管公司不能直接罚款，但在特定情况下，法律允许公司进行合法的经济扣减，但这并不等同于罚款，且需严格遵守法律规定：
员工过错造成损失：若员工因个人原因（如故意或重大过失）给公司造成经济损失，公司可按劳动合同约定要求其赔偿，并从其工资中扣除。但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
合法有效的规章制度：公司可制定经过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商等）且内容不违反法律法规的规章制度。当员工违反这些规章制度时，公司可按规定进行相应处理，如扣减绩效奖金、警告、记过等，但这些措施必须确保合法且合理，且不应涉及直接的经济罚款。不过，如果规章制度中明确规定了因特定违规行为而扣除一定比例的工资作为惩戒（例如旷工扣除当日工资），并且这一规定符合法定程序，那么这种扣除可能被视为合理。
三、员工权益保护途径
若公司违法对员工进行罚款，员工有权采取以下措施维护自己的合法权益：
投诉与举报：向劳动保障监察部门投诉举报，要求公司支付被克扣的工资，并可能获得赔偿金。
劳动仲裁与诉讼：通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。劳动仲裁的期限通常为60天，员工可在此期间收集证据并与公司协商解决争议；若对仲裁结果不满，可进一步提起诉讼。
四、建议与总结
公司应遵守法律法规，通过制定合法有效的规章制度和管理措施来规范员工行为，并在必要时采取合法的经济扣减措施（如赔偿损失）。同时，员工也应了解自身权益，积极维护合法权益不受侵犯。在遇到问题时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律指导和帮助。
综上所述，公司直接对员工进行罚款是违法的，但可通过合法合理的方式进行经济扣减。双方应共同遵守法律法规，确保合法权益得到妥善维护。