员工举报公司违法行为是合法且受法律保护的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与员工权利
根据《劳动保障监察条例》第九条的规定，任何组织或者个人对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，都有权向劳动保障行政部门举报。劳动者认为用人单位侵犯其劳动保障合法权益的，同样有权向劳动保障行政部门投诉。这一条款明确赋予了员工举报公司违法行为的权利，并且劳动保障行政部门有义务为举报人保密，对举报属实且为查处重大违法行为提供主要线索和证据的举报人，还会给予奖励。
二、举报的意义与后果
维护市场公平与正义：员工举报公司违法行为有助于揭露和纠正企业的不法行为，维护劳动市场的公平竞争环境，促进社会的和谐稳定。
保护权益：举报行为不仅保护了劳动者自身的合法权益，还间接保护了消费者和其他相关方的利益，防止他们因公司的违法行为而受到损害。
促进企业规范：举报行为可以推动企业自觉遵守法律法规，提高社会责任感和企业形象，从而促进企业的长期健康发展。
法律后果：一旦公司的违法行为被查实，将面临一系列法律后果，包括行政处罚（如罚款、整改等）和法律制裁（如吊销营业执照、刑事追责等）。
三、举报的注意事项
为了确保举报的有效性和保护自身权益，员工在举报时应遵循以下几点：
基于事实与证据：举报内容应真实可靠，并尽可能提供有效的证据支持，如文件、记录、照片等。这有助于劳动保障行政部门更快地查实违法行为，并采取相应的措施。
通过正当途径：员工应通过合法的举报渠道进行举报，如劳动保障行政部门的举报电话、信箱、网上举报平台等。避免使用非法手段或渠道进行举报，以免给自己带来不必要的麻烦。
保密性：劳动保障行政部门会严格为举报人保密，确保其个人信息安全。员工在举报时也应注意保护自己的隐私，避免泄露过多个人信息。
避免滥用权利：举报是公民的权利，但应谨慎使用。频繁且无根据的举报可能会给相关部门和被举报单位带来不必要的困扰，也可能影响举报人的信誉。因此，员工在举报前应确保自己掌握的证据充分、确凿。
四、特殊情况下的处理
尽管员工举报公司违法行为是合法且受保护的，但在某些特殊情况下，如员工在举报过程中存在其他违法行为（如故意捏造虚假事实、恶意中伤企业）或严重违反企业规章制度，并且这些行为符合用人单位法定解除劳动合同的条件，那么企业有可能合法解除与该员工的劳动合同。然而，在这种情况下，企业需要承担举证责任，证明员工存在违反规定的行为以及解除劳动合同的合法性。
总结与建议：
员工举报公司违法行为是其正当权利，受法律保护。在举报过程中，员工应确保举报内容的真实性和准确性，并通过正当途径进行举报。同时，相关部门也应积极履行职责，保护举报人的合法权益，确保举报行为得到有效处理。如果您在举报过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。