股东已注销的情况下，无法直接进行股东变更登记，但可通过股权继承、股权转让给其他主体或公司减资等方式解决，具体需根据实际情况选择合适路径。以下是详细分析：

1. 若股东为自然人且已去世：

   • 股权继承：根据《公司法》第七十五条，自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。因此，若公司章程无特殊规定，继承人可凭继承权公证书、死亡证明等文件，向公司申请变更股东登记，将原股东名下股权过户至继承人名下。
   • 操作流程：首先，需确定继承人范围及继承份额，可通过协商或诉讼确定；其次，办理继承权公证或法院判决书等法律文件；最后，向公司登记机关提交变更登记申请，包括公司章程修正案、股东会决议、继承文件等。

2. 若股东为法人且已注销：

   • 股权转让给其他主体：法人股东注销后，其股权需先进行清算处置。若清算组决定将股权转让给其他股东或第三方，需签订股权转让协议，并履行公司内部决策程序（如股东会决议），然后向公司登记机关申请变更登记。
   • 公司减资或回购：若无法找到受让方，公司可通过减资程序减少注册资本，或根据公司章程或股东会决议回购该部分股权，并进行相应注销登记。但需注意，减资或回购需符合《公司法》规定的程序，如编制资产负债表及财产清单、通知债权人、公告等。
   • 特殊情形处理：若法人股东注销后，其权利义务承受人（如清算组、股东等）明确，且其他股东同意，可尝试将股权过户至权利义务承受人名下，但需公司登记机关认可并办理相关手续。

3. 注意事项：

   • 公司章程优先：若公司章程对股东注销后的股权处理有特殊规定，应优先遵循章程约定。
   • 税务合规：股权变更可能涉及所得税、印花税等税费，需按税法规定申报缴纳。
   • 程序合法性：无论选择哪种方式，均需确保程序合法合规，避免因程序瑕疵导致变更无效或引发纠纷。

建议：在处理股东已注销的股权变更问题时，建议先查阅公司章程，了解是否有特殊规定；然后根据实际情况选择合适路径，并咨询专业律师或会计师，确保程序合法合规。如有具体问题，可直接向我咨询。