公司查出员工有肝硬化后直接将其辞退，这种行为通常是不合法的。以下是从不同角度的详细分析：
法律依据
《劳动合同法》第四十二条：明确指出，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。这意味着，如果员工处于医疗期内，公司无权直接辞退。
《劳动合同法》第四十条：规定，即使医疗期满，若员工不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同，并且需要支付经济补偿。这一条款强调了公司在辞退员工前需要履行的法定程序。
《劳动合同法》第三十九条：并未将患有肝硬化列为可以解除劳动合同的情形。因此，公司不能仅凭员工患有肝硬化就单方面解除劳动合同。
《就业促进法》第二十九条：强调国家保障残疾人的劳动权利，用人单位招用人员时不得歧视。虽然肝硬化患者不一定属于残疾人，但仅以肝硬化为由辞退员工可能涉嫌就业歧视，违反平等就业的精神。
具体情况分析
医疗期内：如果员工因肝硬化处于医疗期内，公司应严格遵守法律规定，不得解除劳动关系，确保员工能够安心治疗。此时，公司应关注员工的健康状况，提供必要的支持和帮助。
医疗期满后：若医疗期满，员工不能从事原工作，公司应尝试为其调整工作岗位。如果员工经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任，公司可以解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资，并支付经济补偿。
无歧视原则：公司不得因员工患有肝硬化而对其进行歧视或辞退。这种歧视行为不仅违反了法律法规，也违背了社会公德和职业道德。公司应秉持公平、公正的原则，对待每一位员工。
实际操作建议
合理安排工作：当公司查出员工有肝硬化时，应首先评估其工作能力，并根据病情合理安排工作，避免将其置于不适合的岗位。这有助于员工保持工作状态，同时也有利于公司的正常运营。
遵守医疗期规定：在员工处于医疗期内时，公司应严格遵守法律规定，不得解除劳动关系。公司可以关注员工的健康状况，提供必要的医疗支持和帮助，让员工感受到公司的关怀和温暖。
依法辞退：如需辞退因病不能胜任工作的员工，公司应确保已履行所有法定程序，包括提前通知、支付经济补偿等。这有助于避免法律纠纷，维护公司的声誉和形象。
总结来说，公司在处理员工肝硬化问题时，应秉持合法、合规的原则，综合考虑员工的实际情况和法律规定，做出合理决策。任何辞退行为都应基于充分的法律依据和程序，确保员工的合法权益得到妥善保护。如果您或您身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。