厂房改造公寓出租的合法性主要取决于是否满足相关法律法规和政策要求，包括城乡规划、土地使用、建筑安全、消防安全以及运营管理等多个方面。未经合法程序和获得相关批准擅自进行改造和出租是违法的。

一、合法性判断依据

1. 符合城乡规划与土地使用规定：

   • 厂房改造公寓的首要前提是必须符合当地的城市规划和土地使用规定。根据《中华人民共和国城乡规划法》，若需变更土地用途或建筑物使用功能（如从工业转为居住），必须向城乡规划主管部门提出申请，并经审查批准后办理相关规划变更手续。这意味着，只有在城市规划允许且获得正式许可的情况下，改造才可能被视为合法。

2. 遵守建筑法规和安全标准：

   • 改造过程还需严格遵守建筑法规和安全标准。这包括但不限于建筑结构的安全性评估、消防设施的配备与调整（以满足居住建筑的消防要求）、逃生通道的设置等。确保改造后的建筑在各方面都符合居住用途的安全标准。

3. 获得必要的行政审批：

   • 改造项目需经过多部门联合审批，包括但不限于规划、住建、消防和环保等部门。具体流程包括向规划部门提出功能变更申请，住建部门审查改造设计方案，消防部门审核消防设计，环保部门评估环境影响等。只有获得所有必要批准后，方可进行改造和出租。

二、不合法的情况及后果

1. 违反规划用途：

   • 若所在区域规划明确禁止将厂房改为公寓，或未获得规划部门批准擅自改变土地用途和建筑物使用功能的，将构成违法建设行为。相关部门有权责令停止施工、恢复原状，甚至依法予以拆除，并处以相应的罚款。

2. 未履行法定程序：

   • 未经规划、建设、消防等部门审批，或未获得必要批准即擅自改造并出租的，属于违法行为。一旦被发现，将被要求停止出租并恢复房屋原状，还可能面临法律责任，包括罚款等。

3. 存在安全隐患：

   • 若改造后的建筑未达到居住建筑的消防及安全标准，存在严重安全隐患的，相关部门同样有权责令整改，直至达到安全标准为止。在极端情况下，也可能面临被拆除的风险。

三、合法改造与出租的途径

1. 了解并遵守相关政策：

   • 在进行厂房改造公寓出租前，务必咨询当地的政府部门或了解相关政策，以获取最准确、最权威的政策信息和法律指导。确保改造和出租计划符合当地的城市规划和土地使用规定。

2. 办理相关手续：

   • 向规划部门申请用途变更审批，并获得批准。
   • 涉及建筑结构变动的，需办理建设工程规划许可证等相关建设审批手续。
   • 改造必须符合消防安全要求，通过消防部门的审核验收，取得消防许可。
   • 可能还需办理环保、卫生等其他相关部门的审批手续。

3. 获得批准并告知：

   • 获得所有必要批准后，方可进行改造和出租。同时，应及时告知物业服务企业等相关方，确保改造和出租过程合法合规。

四、注意事项与风险提示

• 对周边环境的影响：厂房改造公寓可能对周边环境造成影响，如噪音、交通等。因此，在改造和出租过程中应充分考虑并采取措施减少不利影响。
• 消防安全与流动人口管理：改造过程中应特别注意消防安全，并确保流动人口的有效管理，避免给社区带来安全隐患。
• 持续关注政策变化：由于政策环境和法律法规的不断变化，具体的政策内容和要求也可能会有所调整。因此，应密切关注政策的变化和调整，以便及时调整改造和出租方案并应对可能出现的风险和挑战。

综上所述，厂房改造公寓出租是一个涉及多方面法律法规和政策要求的综合性项目。在进行改造和出租时，必须严格遵守相关规定，确保改造和出租过程的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。