当您发现自己的商标被别人申请了版权时，这确实是一个涉及复杂法律问题的状况，需要您系统而谨慎地应对。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、确认版权与商标的冲突情况
首先，您需要通过国家版权局等相关机构的查询系统，仔细核实对方版权的详细信息，包括作品内容、版权人、登记时间等。同时，回顾您商标的创作过程和使用历史，确认您的商标是否在对方申请版权之前就已经在使用，并且具有一定的知名度。这一步是判断是否存在实质性冲突的关键。
二、分析权利归属与相似性
接下来，您需要收集能证明您商标先使用权利的证据，如最早使用的商品包装、宣传资料、销售合同等。同时，仔细分析对方申请版权的作品与您的商标在图案、文字、设计风格等方面的相似性。如果对方的作品与您的商标高度相似，且您的商标使用在先，那么对方的版权申请可能存在不合法之处。
三、收集证据
在确认存在冲突后，您需要全面收集相关证据，包括您的商标注册证书、使用记录、知名度证明，以及对方版权的详细信息，如版权登记证书、作品内容及申请时间等。此外，保留所有与对方的沟通记录、邮件往来等也是非常重要的，这些证据可能在后续的法律程序中起到关键作用。
四、咨询专业律师
面对这种复杂的法律问题，寻求专业知识产权律师的帮助是至关重要的。律师将对您的案件进行全面评估，提供专业的法律建议，并协助您判断是否存在侵权行为，制定合适的法律策略。他们还可以代表您进行后续的法律行动，如提出异议、申请撤销版权登记或提起民事诉讼等。
五、采取应对措施
根据具体情况，您可以选择以下一种或多种应对措施：
行政途径：如果对方的版权登记仍在公示期内，您可以向版权登记机关提出异议；如果版权已登记完成，您可以申请撤销该版权登记，但需要提供充分证据证明对方版权存在不合法情况。
司法途径：如果行政途径无法解决问题，或者您认为对方的行为严重侵犯了您的合法权益，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求停止侵权行为、赔偿损失等。
协商解决：在法律程序之外，您也可以尝试与对方进行友好协商，寻求和解的可能性。通过沟通，您可能能够达成互利共赢的解决方案，避免不必要的法律纠纷。
六、加强商标保护
除了应对当前的版权冲突外，加强商标的日常保护也是预防类似事件发生的关键。您应该定期监测市场动态，及时发现并应对潜在的侵权风险；及时续展商标注册，确保商标的持续有效保护；积极维护商标的知名度和声誉，提升品牌的市场竞争力。
总之，面对商标被别人申请版权的情况，您需要冷静分析、收集证据、咨询专业律师，并根据具体情况采取适当的应对措施。同时，加强商标的日常保护也是非常重要的。希望这些建议能对您有所帮助。