政府采购质疑回复的法律依据主要来源于《中华人民共和国政府采购法》及《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定。以下是对这些法律依据的详细阐述：

一、《中华人民共和国政府采购法》的相关规定

虽然《中华人民共和国政府采购法》并未直接规定质疑回复的具体期限和内容要求，但它确立了政府采购活动的基本原则和框架，包括公开、公平、公正和诚实信用原则。这些原则为处理政府采购质疑提供了基本的法律导向，即采购人或其委托的代理机构在处理质疑时，应当遵循这些原则，确保质疑得到公正、合理的处理。

二、《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的详细规定

1. 质疑答复的期限：

   • 根据《政府采购质疑和投诉办法》第十三条，采购人或者其委托的采购代理机构应当在收到供应商的书面质疑后7个工作日内作出答复。这一规定明确了质疑答复的法定期限，确保了供应商的权益能够得到及时有效的保护。

2. 质疑答复的内容要求：

   • 答复内容应当全面、具体，包括但不限于对质疑事项的解释和说明。采购人或代理机构需要针对供应商提出的质疑点进行逐一回应，提供充分的理由和证据支持其答复。
   • 答复中还应明确告知质疑供应商如不满意答复，有权依法进行投诉的相关信息，包括投诉的期限（即答复期满后15个工作日内）和途径（向同级财政部门提起）。

3. 逾期未答复的法律后果：

   • 若采购人或采购代理机构未能在规定时间内对质疑作出答复，根据《政府采购质疑和投诉办法》的相关规定，将自动视为质疑成立，并需依照相关法律法规承担相应的法律责任。这一规定旨在防止采购方逃避责任，确保供应商的权益得到切实保障。

三、实际操作中的注意事项

1. 及时响应：采购人或代理机构在收到质疑后，应立即组织相关人员对质疑事项进行调查核实，确保在法定期限内作出答复。
2. 全面答复：答复内容应全面、具体，针对供应商提出的每一个质疑点进行逐一回应，避免遗漏或模糊处理。
3. 保留证据：在处理质疑过程中，采购人或代理机构应妥善保管相关证据材料，以备后续可能的投诉或法律诉讼之需。

四、示例说明

假设某供应商在参与政府采购活动过程中，发现招标文件存在排他性条款，认为其权益受到损害。该供应商可在知道或应知其权益受损之日起7个工作日内向采购人提出书面质疑。采购人收到质疑后，应在7个工作日内作出答复，解释招标文件中的相关条款，并说明其合法性和合理性。如果供应商对答复不满意，可在答复期满后15个工作日内向同级财政部门提起投诉。

综上所述，政府采购质疑回复的法律依据主要来源于《中华人民共和国政府采购法》及《政府采购质疑和投诉办法》的相关规定。采购人或代理机构在处理质疑时，应严格遵守这些规定，确保质疑得到公正、合理的处理。如果您在政府采购活动中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。