针对您提出的“案件存疑怎么处理的”这一问题，我将从法律程序和纪检监察机关的处理方式两个方面进行详细解答。
首先，我们需要明确“案件存疑”在法律上的定义。在刑事诉讼中，当检察机关对于经过二次补充侦查（调查）的案件，仍然认为证据不足，或者经审查发现存在非法取证行为，对该证据排除后其他证据也不足，不符合起诉条件时，会作出“存疑不起诉”的决定。这通常被称为“证据不足不起诉”，它基于疑罪从无的原则，即在没有足够证据证明犯罪的情况下，不能认定犯罪嫌疑人构成犯罪。
接下来，我们探讨纪检监察机关如何处理存疑不起诉的案件：
问题线索研判： 存疑不起诉案件虽然不存在司法机关已认定的事实、性质和情节，但并不意味着没有违纪违法行为。纪检监察机关会将这些案件视为一般问题线索进行研判处置，通过进一步调查核实，以确定是否存在违纪违法行为。
调查核实： 纪检监察机关会根据案件的具体情况，开展必要的调查核实工作。这可能包括询问相关人员、查阅相关文件资料、进行现场勘查等，以收集更多证据来支持或反驳违纪违法行为的指控。
精准认定处理： 在调查核实的基础上，纪检监察机关会根据事实证据情况并考虑相关情节，精准作出认定处理。如果确实存在违纪违法行为，将依法依规给予相应的党纪政务处分；如果证据不足或无法证实违纪违法行为的存在，则将按照相关规定作出相应处理，如结案或进一步补充调查等。
风腐同查机制： 对于存疑不起诉案件中可能涉及的违规违纪行为，纪检监察机关还会运用风腐同查工作机制进行研判。这意味着在查处案件时，不仅要关注犯罪行为本身，还要关注与之相关的违规违纪行为，如违反廉洁纪律、工作纪律等，以全面净化政治生态。
以具体案例为例，假设某公职人员因涉嫌醉酒驾驶被公安机关查获，但检察机关在审查过程中发现提取血样时存在违规行为，导致血液检测鉴定证据被排除。虽然该公职人员已承认饮酒后驾车，但因认定达到醉酒标准的证据不足，检察机关作出了不起诉决定。在此情况下，纪检监察机关会按照风腐同查工作机制进行研判，核实该公职人员驾车前就餐行为是否违规，并根据事实证据情况作出相应处理。
综上所述，对于存疑不起诉的案件，纪检监察机关会将其视为一般问题线索进行研判处置，通过调查核实和精准认定处理来确保案件的公正性和合法性。同时，运用风腐同查工作机制来全面净化政治生态，维护党的纪律和国家法律的严肃性。