关于您提出的“怀孕请假超过三个月是否可以开除”的问题，这是一个涉及劳动法与女职工特殊保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律保护基础

首先，根据《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期享有特殊的劳动保护权益。这意味着，用人单位不能因为女职工怀孕就降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。这一规定为怀孕女职工提供了坚实的法律后盾。

二、请假与劳动关系的具体分析

1. 合法休假情形：

   • 如果女职工怀孕请假是遵循了公司正规的请假流程，并且提供了必要的请假手续，如医院出具的诊断证明等，那么这种休假是合法的。在此情况下，用人单位无权以此为由开除女职工。

2. 违规旷工情形：

   • 然而，如果女职工在请假过程中未按照公司规定的程序办理，导致长期旷工，且旷工时间超过了公司规章制度中规定的限度（如三个月），并且这种行为严重违反了用人单位经过民主程序制定并已向劳动者公示的规章制度，那么用人单位在符合法律程序的前提下，有权解除劳动合同。但这一操作必须严格遵循法律规定的程序，确保女职工的合法权益不受侵害。

3. 特殊病假情况：

   • 若女职工因怀孕相关并发症等需要休长期病假，且已超过医疗期，同时既不能从事原工作也无法胜任用人单位另行安排的工作，那么用人单位在遵守相关法律法规的前提下，可以考虑解除劳动合同。但在此过程中，必须确保女职工的合法权益得到充分保障，如支付相应的经济补偿等。

三、争议解决与法律救济建议

1. 沟通协商：

   • 对于怀孕的女职工而言，如果因特殊原因需要长时间请假，建议提前与用人单位进行充分沟通，说明具体情况，以争取用人单位的理解和支持。这有助于减少不必要的误解和冲突。

2. 了解权益：

   • 女职工应充分了解自己的法律权益和相关规定，确保在请假过程中不违反用人单位的规章制度。同时，也可以咨询专业律师或劳动监察部门，以获取更准确的法律指导。

3. 法律救济途径：

   • 如果因请假问题发生争议，女职工可以通过多种法律途径维护自己的合法权益。例如，向当地劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。这些途径为女职工提供了有效的法律救济手段。

4. 赔偿责任：

   • 在实践中，如果用人单位违法开除怀孕女职工，女职工有权要求用人单位继续履行劳动合同并恢复劳动关系。如果劳动合同已经不能继续履行或者女职工不要求继续履行的，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向女职工支付赔偿金。

综上所述，怀孕女职工请假超过三个月并不必然导致劳动关系的终止。关键在于女职工是否遵循了合法的请假流程以及是否严重违反了用人单位的规章制度。在处理此类问题时，应充分考虑女职工的特殊权益和法律规定，确保双方的合法权益都得到妥善保护。如果您在请假过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门以获取帮助。