当法人不配合变更法人时，公司可以采取以下合法且有序的步骤来推动法人变更：

1. 明确法律依据与公司章程规定

   • 根据《中华人民共和国公司法》第十三条及《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十四条的规定，公司法定代表人发生变更时，应当依法办理变更登记。公司章程作为公司的基本法律文件，通常会对法定代表人的变更流程作出明确规定。股东应详细查阅公司章程及上述法律法规，了解法定代表人变更的具体程序、条件以及所需的表决比例。若法人的不配合行为违反了章程或法律规定，股东可据此采取进一步措施。

2. 尝试沟通与协商

   • 在采取正式法律手段之前，股东可与现任法人进行沟通，了解其不配合的原因，并尝试通过协商解决分歧。有时候，简单的沟通就能解决误解或消除顾虑，从而避免不必要的法律纠纷。例如，若法人因对变更后的权益分配有疑虑，可通过协商调整相关条款，以达成共识。

3. 依法召集并召开股东会

   • 若沟通无果，股东应按照公司章程及《公司法》的规定，召集并召开股东会会议。会议需按照法定程序进行，包括提前通知所有股东、确保会议的合法性以及表决的有效性。在会议上，就法定代表人变更事宜进行表决，并确保表决结果达到法定或章程规定的比例。通常情况下，股东会决议需代表三分之二以上表决权的股东通过，具体以公司章程为准。

4. 形成有效决议并采取行动

   • 股东会形成的关于法定代表人变更的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过（除非公司章程另有规定）。一旦决议有效通过，公司应立即着手准备变更登记所需的相关材料，如《公司变更登记申请书》、新任法定代表人的任职证明、身份证件复印件等，并向原公司登记机关提交变更申请。

5. 向法院提起诉讼以维护权益

   • 如果现任法人无视股东会的有效决议，拒绝配合办理变更登记手续，股东有权向法院提起诉讼。诉讼请求可包括确认股东会决议的效力以及要求法人履行配合办理变更登记的义务。法院经审理后，若认为股东会决议合法有效，将作出相应判决，股东可依据该判决再次向法院申请强制执行。例如，在某案例中，法院判决确认股东会决议有效后，原法人仍不配合，最终法院通过强制执行程序完成了法人变更登记。

6. 申请工商行政机关协助

   • 在准备完整的申请材料后，公司可向当地工商行政管理部门提交变更申请，并说明现任法人不配合的情况。工商部门在审核材料齐全、符合法定形式后，可依职权办理法人变更登记手续。但需注意，工商部门可能会谨慎处理此类情况，要求公司提供充分的证明文件以确保变更的合法性。

7. 完善公司治理机制预防类似问题

   • 为预防类似问题再次发生，公司可优化章程设计，明确法定代表人任免的具体条件、流程及争议解决机制。同时，强化信息披露，建立定期向全体股东通报高管履职情况的制度，增强管理透明度。此外，还可构建退出机制，在投资协议中约定股东不配合公司治理时的股权回购条款，形成有效约束。

在整个处理过程中，务必确保所有行动都符合法律法规的要求。若遇到复杂情况或不确定如何操作时，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律意见和指导。