协议可以盖合同章，且在符合法律规定和其他生效要件的情况下，加盖合同章的协议具有法律效力。以下从多个角度为您详细分析：

法律效力层面

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定印章的种类，合同章作为公司对外签订合同常用的印章之一，其加盖能够表明协议是经双方协商一致达成的，体现了双方的真实意思表示。在符合法律及其他生效要件（如内容合法、主体适格等）的前提下，加盖合同章的协议具备法律效力。

合同章的用途与功能

1. 用途：合同章是单位专门用于签订合同时的印章，它代表了单位在经济活动中的意志和信用。通过加盖合同章，单位明确表示对合同内容的认可，并愿意承担相应的法律责任。
2. 功能：
   • 确认效力：在协议上加盖合同章，是对协议内容和条款的进一步确认和保障，使协议具备更强的法律效力。
   • 证据作用：当协议双方在履行过程中发生争议时，加盖合同章的协议可作为重要证据，证明双方的权利义务关系和约定内容，有助于维护双方的合法权益。

特殊情况和注意事项

1. 约定优先：若协议双方在事先的约定或协议本身中明确规定了必须使用特定的印章（如公章），则应按照该约定执行。否则，即使加盖了合同章，也可能因不符合约定而导致协议不生效或效力受到质疑。
2. 印章的真实性和合法性：使用合同章时，必须确保印章的真实性和合法性。若印章系伪造或未经授权使用，则加盖该印章的协议将不具有法律效力。因此，在盖章前应仔细核对印章的真伪和授权情况，企业应建立健全印章管理制度，确保印章的安全和合规使用。
3. 其他生效要件：除了盖章外，协议的生效还需满足其他法定要件，如协议内容必须合法、主体必须具备相应的民事行为能力、意思表示必须真实等。只有同时满足这些要件，协议才能具备完整的法律效力。
4. 内部管理制度与程序：企业应严格按照内部管理制度和程序使用合同专用章，每次使用都应有明确的记录和审批流程。这有助于维护企业的合法权益，防止因不当使用印章而产生的法律风险。
5. 特别授权与签字确认：对于涉及重大事项或需要特别授权的协议，可能还需要经过公司法定代表人或其他相关负责人的签字或盖章确认。这是为了确保协议内容得到充分的审查和批准，保障企业的利益。

实际应用建议

在签订协议时，除了关注印章的使用外，还需注意以下几点以确保协议的有效性和避免潜在风险：

1. 协议内容的完整性：确保协议条款清晰、完整，无遗漏或模糊之处。
2. 双方的主体资格：核实对方的身份信息和资质，确保其具备签订协议的主体资格。
3. 签订流程的合法性：遵循相关法律法规规定的签订流程，如需要公证或见证的，应依法办理。

综上所述，协议上加盖合同章是合法且有效的做法，但在实际操作中需注意相关细节以确保协议的有效性。如果您在协议签订过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。