员工自离时，对于其已经提供的劳动，公司仍有义务支付工资。这是基于《中华人民共和国劳动法》及相关法规的明确规定，也是保障劳动者合法权益的基本原则。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与工资支付原则
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确了工资支付的基本原则，即只要劳动者提供了劳动，就有权获得相应的报酬，不受离职方式的影响。
《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一规定进一步强调了工资支付的及时性，即使员工自离，公司也应在离职时一次性付清工资。
二、工资计算与支付细节
计算方式：公司应按照员工实际工作的天数和双方约定的工资标准来计算应得工资。例如，若员工月工资为5000元，当月实际工作了15天（假设该月应出勤30天），则其应得工资为2500元（5000÷30×15）。
支付时间：工资应在正常的支付周期内支付，离职时更应一次性付清。若公司以员工自离为由拒绝支付或拖延支付，员工有权通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维权。
支付方式：公司应采用合法方式支付工资，如银行转账，并保留支付凭证，以便在发生争议时提供证据。
三、特殊情况处理
员工给公司造成损失的情况：若员工的自离行为确实给公司造成了经济损失，公司有权依法要求员工赔偿。但这种赔偿与支付工资是两个独立的法律关系，不能相互抵消或混淆。赔偿金额的确定应基于明确的证据和合理的计算，且扣除工资作为赔偿的部分不得超过法律规定的限额（即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
无法联系员工的处理：若员工自离后无法联系，公司可暂时不发放工资，但应保留相关证据，如考勤记录、工资计算单等。一旦能够联系上且员工要求支付，公司应及时足额支付。
四、法律建议与维权途径
对于公司：应建立健全的工资支付制度和离职管理制度，确保员工离职时能够顺利结算工资。在处理员工自离造成的经济损失时，应遵循法律法规，合理合法地要求赔偿，避免与工资支付产生混淆。
对于员工：若遭遇公司拒绝支付工资或违法克扣工资的情况，可以向当地劳动保障部门（如劳动监察大队）投诉，也可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在申请仲裁时，应提供相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己的主张。
总结来说，员工自离时，公司仍有义务支付其应得工资。在处理因员工自离造成的经济损失时，公司应遵循相关法律法规，确保双方的权益得到妥善保护。若您在工资支付方面遇到任何问题或争议，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和帮助。