外包员工的工资发放主体通常依据外包协议的具体约定来确定，主要存在以下两种情况：
由外包公司（劳务公司）发放：
- 在常见的劳务外包模式中，外包员工与外包公司签订劳动合同，建立劳动关系。因此，外包公司作为用人单位，负责按照劳动合同约定计算并发放工资给外包员工。这是最为普遍和常规的做法。
- 外包公司从用工单位获取项目费用后，需依法履行代扣代缴个人所得税等义务，并确保工资发放符合法律法规的相关规定，如不得低于当地最低工资标准。例如，若某地区最低工资标准为每月2000元，则外包公司支付给员工的工资不得低于这一数额。
由用工单位直接发放（特殊约定情况）：
- 根据外包合同的特殊约定，用工单位也可能直接对外包员工发放工资。但这种情况相对较少，且合同中应明确详细的工资发放标准、时间等具体事项，以确保准确性和及时性。
- 用工单位在直接发放工资时应谨慎操作，避免被认定为劳务派遣关系，从而影响劳动关系的认定。因为劳务派遣关系与劳务外包关系在法律上有着不同的责任划分和权益保障。
在工资发放过程中，还需注意以下几点：
- 工资构成与标准：外包员工的基本工资由外包公司根据其岗位、技能水平等因素确定，并应不低于当地最低工资标准。此外，还可能包括绩效工资、奖金、津贴补贴等，具体项目和标准由外包公司决定。
- 工资支付方式与时间：工资一般以货币形式支付，通过银行转账等方式发放至员工个人银行账户。外包公司应按照约定的周期（如每月、每季度）按时足额支付工资，不得无故拖欠或克扣。
- 特殊情况下的工资待遇：如加班工资、法定节假日工资、病假事假工资等，外包公司应按照法律规定和公司政策进行支付和扣除。例如，加班工资的计算方式可能因地区和行业而异，但一般应遵循国家相关法律法规的规定，如平时加班支付不低于工资150%的加班费，休息日加班且不能安排补休的支付不低于工资200%的加班费，法定节假日加班支付不低于工资300%的加班费。
如果发生工资发放方面的纠纷，外包员工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
- 协商：首先尝试与外包公司或用工单位进行协商解决，这是最为直接和高效的方式。
- 投诉：向当地的劳动监察部门进行投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并可责令其限期支付拖欠的工资。
- 劳动仲裁：如协商和投诉均无法解决问题，外包员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。劳动仲裁机构将依法进行裁决，并可强制执行裁决结果。
总结来说，外包员工的工资发放主体及责任应根据外包协议的具体约定来确定。在发生纠纷时，外包员工应依法通过协商、投诉或仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。