旷工三天自离是否合法，主要取决于用人单位的规章制度以及双方签订的劳动合同中的具体约定。以下是对此问题的详细分析：

1. 规章制度的规定：

   • 用人单位通常会在规章制度中明确规定旷工达到一定天数（如三天）视为严重违纪，公司有权解除劳动合同且无需支付经济补偿金。这一规定若已经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，那么旷工三天自离在制度层面是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。同时，《中华人民共和国劳动法》第二十五条也规定了劳动者严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。

2. 劳动合同的约定：

   • 劳动合同中也可能对旷工行为及其后果进行约定。如果劳动合同中有明确约定旷工三天视为自动离职或用人单位有权解除劳动合同，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这一约定也是有效的。

3. 实际操作的注意事项：

   • 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，用人单位在解除劳动合同时仍需遵循法定程序，如通知工会（若建立了工会组织）、书面通知劳动者等。
   • 用人单位应确保规章制度的制定和执行符合法律法规的要求，避免违法解除劳动合同的风险。例如，规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且应经过民主程序制定。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果劳动者因不可抗力因素（如突发疾病、家庭紧急情况等）导致旷工，且能提供相应证据，用人单位在处理时应考虑实际情况，给予一定的宽容和理解。在这种情况下，直接以旷工三天为由解除劳动合同可能不合法。
   • 在解除劳动关系前，用人单位应与劳动者进行充分的沟通和协商，了解旷工的具体原因和情况，尽量通过和解的方式解决问题。这有助于维护和谐的劳动关系，并减少法律纠纷的风险。

法律后果与建议：

• 若旷工三天自离被认定为合法，用人单位无需支付经济补偿金，但应确保结算劳动者的工资。
• 若旷工三天自离被认定为不合法，用人单位可能需要向劳动者支付赔偿金，并面临法律诉讼的风险。因此，用人单位在制定和执行规章制度时，应务必谨慎并遵循法律法规的要求。
• 建议用人单位在制定规章制度时，明确旷工的具体天数和相应的处理措施，并确保这些规定合法有效。同时，在解除劳动合同时，应严格按照法定程序进行操作，以避免法律风险。

综上所述，旷工三天自离是否合法需根据用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及实际情况进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。