针对您提出的“在职员工生重大疾病该怎么处理”的问题，这主要涉及到医疗期的确定以及员工在此期间的权益保障。以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据原劳动部《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》(劳部发[1994]479号)的相关规定，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作进行医疗时，会根据员工实际参加工作年限和在本单位的工作年限，给予一定期限的医疗期。具体来说：

1. 实际工作年限十年以下的：

   • 在本单位工作年限五年以下的，医疗期为三个月；
   • 在本单位工作年限五年以上的，医疗期为六个月。

2. 实际工作年限十年以上的：

   • 在本单位工作年限五年以下的，医疗期为六个月；
   • 五年以上十年以下的，医疗期为九个月；
   • 十年以上十五年以下的，医疗期为十二个月；
   • 十五年以上二十年以下的，医疗期为十八个月；
   • 二十年以上的，医疗期为二十四个月。

对于您提到的“重大疾病”，虽然上述规定并未直接提及“重大疾病”可延长医疗期，但通常在实际操作中，如果员工所患疾病较为严重，且需要较长的治疗和恢复时间，企业可能会根据实际情况和员工的医疗证明，适当延长医疗期。不过，这并非法定要求，而是企业根据自身情况和员工需求做出的自主决策。

另外，值得注意的是，广东省人力资源和社会保障厅在《关于疾病医疗期问题的复函》中明确指出，如果企业愿意继续承担超过医疗期的医疗责任，这属于企业的自主权，劳动保障部门不应干涉。这意味着，如果企业出于人文关怀或员工关系考虑，愿意为员工提供更长的医疗期或额外的医疗支持，这是完全可行的。

建议处理步骤：

1. 及时沟通：员工应尽快与所在企业的人力资源部门或直接上级沟通，说明自己的病情和医疗需求。
2. 提供医疗证明：员工应按照企业要求提供相关的医疗证明，以便企业了解员工的病情和治疗情况。
3. 协商医疗期：根据企业的规定和员工的实际情况，双方协商确定医疗期的长度和相关的待遇安排。
4. 关注政策变化：员工和企业都应关注当地劳动保障部门的相关政策变化，以便及时调整医疗期和待遇安排。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。