关于以员工不胜任工作为由辞退员工的赔偿问题，这确实是一个涉及劳动法的重要议题。以下是我从多个角度为你详细分析的解答：

1. 合法辞退与赔偿情况

   • 前提条件：首先，公司必须能够证明员工确实存在不能胜任工作的情况，这通常需要有明确合理的岗位职责要求以及员工客观的绩效考核记录作为证据。
   • 程序要求：在辞退前，公司应当对员工进行培训或调整其工作岗位。如果经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作，公司才有权辞退。同时，公司需保留培训计划及记录、调岗通知等相关证据。
   • 通知与支付：公司可以选择提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后解除劳动合同。在这种情况下，公司无需支付经济赔偿，但需按照员工在本单位工作的年限支付经济补偿金。经济补偿金的计算方式是：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

2. 违法辞退与赔偿情况

   • 程序不合法：如果公司未按照上述法律规定的程序进行操作，如未对员工进行培训或调岗，或直接以不能胜任工作为由辞退员工，且未提前通知也未额外支付工资，则构成违法辞退。
   • 缺乏证据：若公司无法提供有效证据证明员工不能胜任工作，或不能证明已履行了培训、调岗等前置程序，同样构成违法辞退。
   • 赔偿责任：在违法辞退的情况下，公司需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。即，如果员工在公司工作了N年，那么公司需要支付2N个月的工资作为赔偿金（但需注意，对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的员工，支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年）。

3. 特殊情况与注意事项

   • 高工资员工：对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的员工，其经济补偿和赔偿金的计算方式会有所不同，需按照上述提到的特殊规定执行。
   • 证据收集：无论是公司还是员工，在处理此类纠纷时都应注意收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、培训记录、绩效考核记录等，以证明自己的权益或主张。
   • 法律程序：如果双方无法就赔偿事宜达成一致意见，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付经济补偿金和/或赔偿金。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

总结与建议： 公司在以员工不胜任工作为由辞退员工时，必须确保符合相关法律规定，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作、已履行了培训或调岗等前置程序、以及按照法律规定的程序进行操作。否则，公司将面临违法辞退的法律风险和经济损失。如果你或你所在的公司正面临此类问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议和帮助。