诊所自制中药丸是否合法，需根据具体情况进行综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
合法情况
取得相关许可：
- 诊所必须依法取得《医疗机构执业许可证》，这是开展医疗活动的基本前提。若诊所想要自制中药丸，还需进一步取得省级药品监督管理部门核发的《医疗机构制剂许可证》。只有同时具备这两个证件，诊所才有资格进行中药丸的配制。
严格遵循制剂规范：
- 诊所自制中药丸必须严格按照省级药品监督管理部门批准的标准和工艺进行。这包括对原料的采购、验收、储存，以及制剂的生产过程、质量检验等各个环节都要符合相关规范。例如，原料必须是合法渠道购进的，且质量符合国家标准；生产过程中要遵循严格的卫生和操作规范，确保药品的质量和安全性。
在规定范围内使用：
- 自制中药丸一般只能在本诊所内凭医生处方使用，不得在市场上销售或广泛推广。这是为了保障患者的治疗需求和药品的合理使用，防止药品滥用或流入非法渠道。
临时配制供患者使用：
- 若诊所仅是根据患者的具体病情，临时配制中药丸并仅供该患者使用，且未进行销售或广泛推广，这种行为通常并不被视为违法。但前提是所使用的中药材来源合法，质量可靠，且符合中医药理论和诊疗规范。
违法情况
无证配制和销售：
- 若诊所未取得《医疗机构制剂许可证》而擅自配制和销售中药丸，将违反《中华人民共和国药品管理法》的相关规定。此类行为将按假药论处，并可能面临严重的法律后果，包括罚款、没收违法所得、吊销执业许可证等。
违规销售：
- 即使取得了《医疗机构制剂许可证》，但若将自制中药丸超出本诊所范围在市场上销售，或者未经批准在互联网等其他渠道销售，也属于违法行为。这将破坏药品市场的秩序，并可能危及患者的健康和安全。
质量不符合标准：
- 若配制的自制中药丸不符合省级药品监督管理部门批准的质量标准，存在质量问题，如有效成分含量不足、含有有害物质等，同样是违法的。这将严重损害患者的权益，并可能引发医疗事故或纠纷。诊所可能因此面临法律责任，包括赔偿患者损失、接受行政处罚等。
总结与建议
对于诊所来说，如果想要自制中药丸，必须先依法取得相应的许可和批准，并确保所有行为都符合相关法律法规和规定的要求。同时，也应严格遵守制剂规范，保证药品的质量和安全性。作为患者，在选择诊所就医购药时，应仔细核实诊所的资质和药品的来源及质量，以确保自己的健康和安全不受损害。
若您对诊所自制中药丸的合法性仍有疑问，或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。