员工感冒请假是否扣工资，主要取决于员工是否处于法定医疗期内、公司的具体规章制度以及劳动合同的约定。以下是对这一问题的详细分析：
法定医疗期内的情况：
- 法律依据：根据《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。
- 支付标准：病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资标准为每月2000元，则员工在法定医疗期内请病假时，公司支付的病假工资最低不能低于1600元（2000元×80%）。
- 医疗期时长：医疗期的具体时长根据职工的实际工作年限和在本单位工作年限来确定，如实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下的为三个月，以此类推。
超出法定医疗期或未履行正规请假流程的情况：
- 超出医疗期：若员工感冒请假时间超出法定医疗期，且不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位在提前通知或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿。若用人单位同意员工继续休病假，工资支付通常由双方协商确定，可能按照病假工资支付标准继续发放，也可能有其他约定。
- 未履行请假流程：若员工感冒但未按照公司规定的请假流程请假，公司可能会按照旷工处理。旷工期间公司通常不支付工资，且可能根据公司规章制度对旷工行为进行处罚，如扣除一定数额的工资。但公司的规章制度必须是合法制定且经过公示的，否则对员工不具有约束力。
公司规章制度与劳动合同的影响：
- 劳动合同约定：若劳动合同中对病假期间工资发放有明确约定，且该约定不违法，那么应按合同约定来支付病假工资。
- 公司规章制度：用人单位在不违反法律法规强制性规定的前提下，可制定并公示本单位的病假工资支付办法。例如，根据职工的工作年限、病假时长等因素，合理确定病假工资的支付比例。
建议与行动指南：
- 了解公司政策：员工在请假前应了解公司的病假政策和薪资扣除标准，确保自己的权益不受侵害。
- 履行请假流程：员工应按照公司规定的请假流程进行请假，以避免因未履行正规请假流程而被视为旷工。
- 维护自身权益：如果员工对病假工资的支付有异议，可通过与用人单位协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等合法途径来维护自身权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。