工厂扣绩效款是否合法，主要取决于是否有明确且合理的考核制度、是否符合劳动合同约定、是否遵循法定程序及扣除后工资是否不低于最低工资标准等因素。以下是对此问题的详细分析：

合法扣除绩效款的情况

1. 有明确且合理的考核制度

   • 工厂必须制定明确、合理且经过民主程序制定的绩效考核制度，并向劳动者公示或告知。该制度应详细规定绩效工资的考核标准、发放方式及扣除情形。若劳动者未达到相应绩效标准，工厂按制度扣减绩效工资是合法的。例如，如果制度中明确规定了销售额未达到一定标准将扣除相应比例的绩效工资，且该制度已经向员工公示，那么工厂在员工未达到销售额标准时扣除绩效工资就是合法的。

2. 符合劳动合同约定

   • 劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件、标准和方式。若劳动者未满足约定的绩效发放条件，工厂有权按照合同约定不发放或扣除绩效工资，且不违反劳动法规定。比如，劳动合同中约定员工需完成一定的工作任务才能获得全额绩效工资，若员工未完成任务，工厂扣除部分绩效工资就是合法的。

3. 经济损失赔偿

   • 当劳动者因故意或重大过失给工厂造成经济损失时，工厂可按照劳动合同约定要求劳动者赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工因疏忽导致工厂设备损坏，工厂要求员工赔偿部分损失，并从绩效工资中扣除，只要扣除比例和剩余工资符合上述规定，就是合法的。

4. 符合法定扣除情形

   • 工厂在特定情况下可代扣劳动者工资，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等。若扣除绩效工资属于这些法定情形之一，且符合相关法律规定，则扣除行为合法。

非法扣除绩效款的情况

1. 缺乏明确依据

   • 若劳动合同和规章制度中均无关于绩效工资扣除的明确规定，工厂随意以绩效为由扣除劳动者工资，则此行为违法。例如，工厂没有制定任何绩效考核制度，却突然以员工绩效不达标为由扣除工资，这就是违法的。

2. 考核标准不合理或不透明

   • 绩效考核标准应公平、合理且具有可操作性。若标准过于苛刻、不合理或在考核过程中缺乏透明度，导致劳动者无法通过正常努力达到标准而被扣除绩效工资，则此扣除行为可能违法。比如，考核标准中规定员工必须完成不可能完成的任务量，否则扣除全部绩效工资，这样的标准就是不合理的。

3. 恶意扣减或以绩效之名惩罚

   • 工厂不得以扣除绩效工资作为对劳动者的惩罚手段。例如，因员工迟到或请假等非绩效相关原因而大幅扣除绩效工资，此行为违法。

4. 制度存在漏洞或显失公平

   • 若绩效考核制度本身存在重大漏洞、显失公平或未经民主程序制定、未向员工公示等，则依据该制度扣除绩效工资的行为可能违法。

5. 扣除后低于最低工资标准

   • 即使工厂有合理的绩效考核制度和扣除理由，但若扣除绩效工资后员工的工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为违法。例如，当地最低工资标准为2000元/月，员工原工资为2500元/月，其中绩效工资为500元/月，若工厂扣除全部绩效工资后员工工资低于2000元/月，则此扣除行为就是违法的。

维权建议

若劳动者认为工厂扣除绩效工资的行为不合法，可采取以下措施维护自身权益：

1. 沟通协商：首先与工厂进行沟通协商，要求说明扣除理由并提供依据。
2. 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉举报。
3. 申请仲裁：依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。
4. 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼。

综上所述，工厂扣绩效款是否合法需综合考虑多种因素。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自身权益和法律规定，并依法采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。