农民工工资确认书盖章通常是有效的，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 盖章行为的法律效力基础
   根据《民法典》第490条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。农民工工资确认书本质属于书面协议，若用人单位在确认书上加盖公章或合同专用章，通常视为对工资数额、支付时间等内容的认可，具有法律效力。但需注意：
   

• 若盖章单位不具备独立法人资格（如分公司未经授权），可能需追加总公司为责任主体；
  
• 若盖章系伪造或私刻，需通过司法鉴定确认真实性，否则可能影响效力认定。

1. 效力瑕疵的常见情形
   即使盖章真实，仍可能因以下原因导致确认书无效或部分无效：
   

• 内容违法：如约定工资低于当地最低标准，或通过”以物抵薪”等方式规避支付义务；
  
• 显失公平：在农民工缺乏议价能力的情况下，被迫接受不合理条款（如长期延期支付）；
  
• 程序瑕疵：未向农民工明确告知确认书内容，或采用欺诈、胁迫手段迫使签字盖章。

1. 实务建议
   为最大限度保障权益，建议：
   

• 核对主体资格：确认盖章单位是否为实际用工主体，避免因主体混淆导致维权困难；
  
• 保留证据链：将工资确认书与考勤记录、工牌、工资条等证据相互印证，形成完整证据链；
  
• 及时主张权利：若用人单位未按确认书支付工资，应在3年诉讼时效内通过劳动仲裁或诉讼解决。

特别提醒：若遇到用人单位拒不盖章或否认确认书效力的情况，可向当地劳动监察部门投诉，或申请法律援助通过司法途径解决。如有具体案件细节需要分析，欢迎随时向我咨询。