结论前置：迟到1分钟扣200全勤是否合法，需结合用人单位的规章制度制定程序、内容合理性、是否与劳动者协商一致以及是否符合相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行详细分析：

一、规章制度制定程序的合法性

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。若“迟到1分钟扣200全勤”的规定未经此法定程序制定，则该规定可能无效。

举例说明：若用人单位未召开职工代表大会或未与职工代表协商，直接单方面制定并实施了该规定，那么这一规定在程序上就是违法的，不能作为处罚依据。

二、规章制度内容的合理性

1. 扣款金额与过错程度相适应：虽然法律未明确规定单次迟到的具体扣款数额，但扣款金额应与劳动者的过错程度相适应，不得畸高。若劳动者月工资为3000元，因一次迟到被扣除200元，可能被视为不合理的高额罚款。

2. 实际损失考量：扣款金额不应超过用人单位因劳动者迟到所遭受的实际经济损失。若用人单位无法证明其因劳动者迟到产生了高额损失，则高额扣款缺乏合理性。

举例说明：如果劳动者迟到1分钟并未对用人单位造成实际经济损失，或者损失远小于200元，那么扣除200元全勤就可能显得不合理。

三、与劳动者的协商一致

1. 劳动合同约定：若用人单位在劳动合同中明确规定了迟到扣款的数额和条件，且该规定不违反法律法规的强制性规定，劳动者也签字确认，则该条款具有法律效力。

2. 事后追认：即使劳动合同中未明确规定，若用人单位在事后与劳动者就迟到扣款事宜达成一致，并签订书面协议，该协议也具有法律效力。

举例说明：如果劳动者在入职时或事后与用人单位签订了书面协议，同意迟到1分钟扣200全勤，且该协议不违反法律法规，那么这一规定就是合法的。

四、特殊情况下的合法性分析

1. 地区差异：不同地区的劳动法规可能存在差异，部分地区可能对用人单位的罚款权有更为严格的规定。因此，在具体案件中，还需结合当地劳动法规进行判断。

2. 最低工资标准：扣款后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若扣款导致劳动者工资低于最低工资标准，则扣款行为违法。

举例说明：如果劳动者因迟到被扣除200元全勤后，其工资低于了当地最低工资标准，那么这一扣款行为就是违法的。

五、应对建议

1. 与单位沟通：劳动者应先与用人单位进行沟通，说明迟到一分钟就扣全勤奖的不合理性，要求用人单位进行调整。

2. 审查规章制度：劳动者应查看用人单位的规章制度是否经过合法程序制定，并是否进行了公示或告知。若发现违规之处，可向用人单位提出质疑。

3. 向劳动监察部门投诉：若与用人单位沟通无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的规章制度进行审查，并责令其进行改正。

4. 申请劳动仲裁：作为最后的救济手段，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的全勤奖。在仲裁过程中，劳动者需提供充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，迟到1分钟扣200全勤的合法性并非绝对，而是需要综合考虑多个因素。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。